廣布的森林和河流，豐富了日本的海洋生態。而日本人攝取蛋白質的主要來源，就是魚類，
加上盛產稻米，因此，學界在談論日本文明時，總不忘加上「魚米」二字。
鮮少人知道，高達六八％的日本國土，是被森林所覆蓋，在已開發國家中僅次於芬蘭（七三％）與瑞典（六九％）。事實上，如同日本，大部分歐洲國家在十一、十二世紀之前的國土亦多被森林所覆蓋。
然而，十二世紀後，土地漸移作小麥種植與牧場開發，森林遭到大量砍伐，目前，主要歐洲國家的森林覆蓋率都偏低，如德國覆蓋率僅三三％、義大利三二％、法國三一％、英國十三％，比利時二三％。
除了森林覆蓋率高之外，日本也是個「多河川」之國。根據統計，日本的年均降雨量高達一六六八毫米，相較之下，英國是一二二○毫米、義大利八三二毫米、美國七一五毫米、德國僅七百毫米，法國則是八六七毫米。
整體來說，日本的年均降雨量約是歐洲國家的兩倍，而這也體現在日本河川水量的充沛，另一方面，由於河川上游森林到出海口的距離相對短，日本河川相較歐洲的另一特色，是「短而湍急」。
日本最長的河流，是流經長野縣與新潟縣的信濃川（全長約三六七公里），緊隨其後的是別名「坂東太郎」的利根川與流經北海道中西部的石狩川，然而縱使是信濃川，其長度也不過是尼羅河的六％而已。
尼羅河總長度約六八五三公里，是世界最長的河流，第二長的是南美洲的亞馬遜河，長度約六四○○公里，第三長的是中國的長江，長度約六三○○公里。
