九合一選舉落幕，民進黨慘輸僅守住6縣市，被外界解讀是執政檢驗的一大震撼彈，總統蔡英文率先請辭黨主席負起敗選責任，行政院長賴清德也在當日向蔡英文請辭，引起黨內接任黨主席的呼聲。賴今（11/26）天早上在行政院召開記者會，表示選舉結果顯示民意對施政的不滿意，他隨後與總統談話後，決定留下來繼續努力。
記者會一開始，賴清德率先恭喜所有新當選的縣市長，透過民主程序贏得未來四年施政機會，他提到，行政院承諾會以「地方政府充分合作」的角度，提供必要協助，一同建設國家、造福國人。
面對這次選舉執政黨大敗，賴坦言，「每一張選票都是民意對施政的檢驗，選舉的結果顯示對施政的不滿意」，因此他表示第一時間表達歉意、也口頭請辭，但隨後於昨（11/25）日下午與總統蔡英文討論過後，決定留任行政院院長，主要是希望原本推動的政務不中斷、協助穩定政局發展，同時負起責任、檢討各項政策，並且短期內會完成公投結果。
除此之外，賴清德留任的一大原因，也與CPTPP法制（跨太平洋夥伴全面進步協定）作業、108年度中央政府總預算和前瞻基礎建設第二期預算仍在審議中相關，他也提到明（11/27）天會到立院報告普悠瑪事件，以及運輸安全等種種事情。
隨後接受媒體提問，頻頻被詢問到關於公投結果後續的處置結果，其中核電、核食都是關注焦點。賴表示，行政院將秉持三原則處理公投案，第一是尊重公投結果，第二則是由於每項公投結果牽涉到立法與行政，政院會再與執政黨團進行討論；第三則是會依照公投法第三十條，相關的法定程序完成後續的工作。
賴清德說到，他正面看待公投，表示他自己是「民主萬歲」的人，透過公投的機會對朝野常爭執、讓台灣停滯不前的議題進行討論，他認為有公投能解決這件事情，不啻是一件好事。
賴指出像是創制法案，行政院必須在三個月內提出法案，送進立院進行審查；若是複決法案，中選會公告三天內，該項法律或政策就失效。因此像是以核養綠的公投案，賴表示屬於複決案，因此公告三天內，電業法的相關條文就失效，因此政院會將廢止的條文送入立院審議，做公投結果的完備動作。
被詢問到宜蘭、雲林、彰化縣的農業大縣也都變天，是否要檢討農業政策？賴清德則回應，像這樣的敗選，恐怕要檢討的不只有農業政策。同時被追問到是否可能會改組？賴則表示必要時候將會進行調整，以回應人民的期待。賴也強調，拚經濟是政院最為優先的重點。
有媒體提出黨內有呼聲由中生代接班，點名像是鄭文燦、賴清德，對此賴表示，他是行政院長，負責政務推動，黨務及相關工作應由其他單位負責說明，因此不願正面回應。
