當台大恐將走向未來一、兩年沒有校長的無奈現實，台灣近年各大學校長遴選的風波不斷，如何趁六月教育部將啟動修法，對症下藥、避免再生爭端，將是各界關注的焦點。
台灣大學校長遴選事件延燒四個多月，教育部堅持「拔管重選」，台大則透過日前校務會議再度強調「選管有理」，雙方僵持不下。
當大學自治與教育部監督的界線難以拿捏得當，各大學不免擔憂自身的校長遴選成為下一個戰場。
爭議一：卡台大、放行陽明 教育部兩套標準？
事實上，近年成功大學、陽明大學、文化大學也爆發各種遴選紛爭，教育部宣示要在六月修法強化遴選完整性，如何防患於未然，將是重點。
「現在一大問題就在於『很多人把大學校長用一般選舉方式看待』，校長應該是要和社會保持距離，以前瞻的角度探索未來社會的樣態，不像選舉重視的更多是當前民眾的好惡。」清華大學校長賀陳弘語重心長表示，在大法官解釋第三八○號、四五○號明確表示，政府可以使用法令監督大學，但不能違背大學自治精神，也因此大學校長的產生，就不適用一般公務機關的派任和選舉。
根據《大學法》第九條，「新任公立大學校長之產生，應於現任校長任期屆滿十個月前或因故出缺後二個月內，由學校組成校長遴選委員會，經公開徵求程序遴選出校長後，由教育部或各該所屬地方政府聘任之。」
至於《國立大學校長遴選委員會組織及運作辦法》第三條則指出，包括候選人產生方式、遴選程序和審核候選人資格，都由遴委會本獨立精神執行。也因此長久以來，各大學的遴選程序不一，都在大學自治範圍內，教育部僅保有最終聘任的職權。
在台大、陽明的校長遴選中，有一個最大的共通點，就是校長當選人管中閔、郭旭崧，都被質疑擔任特定遴選委員同一公司的董事或獨董，且未主動揭露，使得未利益迴避的疑慮，不絕於耳。
