教育部長潘文忠於行政院院會後傳出請辭消息，行政院長賴清德表示潘文忠因「家庭因素」請辭，但潘文忠之後透過教育部發表聲明，認為台大校長當選人應公開向外界說明疑義，但遴委會及校務會議對各項爭議的處理方式，讓他感到遺憾。
稍晚賴清德接受訪問時證實，已「勉予同意」潘文忠請辭。
外界猜測潘文忠因台大校長爭議案而走人，但賴清德受訪時表示，潘文忠是家庭因素才請辭而非「卡管」案，之後潘文忠所發的請辭聲明卻字字針對該案，並表示，台大校長當選人不對外界公開說明，任憑疑義蔓延，已經衝擊了社會對教育部與及台灣大學校長的期許，讓他深感遺憾。
且而教育部為釐清爭議，要求台大及遴委會查明疑義，卻經常遭到泛政治化的攻擊和污衊；更因政治的操作，徒增教育部同仁在行政及業務執行上的壓力和負擔，因此幾經思考後決定辭職，希望政治操作能就此停止。
稍晚賴清德接受訪問，證實已讓潘文忠准辭。賴清德表示「我個人尊重潘部長的做法，當然我也很肯定過去這段時間他作為一個老教育人」，並希望管中閔能提出解釋和說明，讓事件儘早落幕。
潘文忠請辭聲明全文如下：
各位親愛的同仁及各位媒體朋友，在此向各位報告，本人已向行政院賴院長請辭教育部長職務。
依法行政是所有行政部門必須堅守的基本原則，也是本人從事公職堅持的重要信念。此次面對台大校長遴選案，針對遴選會在遴選程序以及當選人爭議處理，乃至臨時校務會議召開等等，本部均以適法性監督，依法行政的原則，應於確認程序合法及實質資格要件無疑義後始同意聘任。
尊重大學自治、學術自由，是我們堅守的信念，而實踐這些信念必須建立在誠實、法治的基礎上。做為教育工作者，誠實信用、遵守法治更是教育下一代最重要的基礎和價值！台大校長動見觀瞻，社會各界都會以高標準來期許與衡量。台大校長當選人，應向社會公開澄清自身行為所引起的爭議，這是權利更是義務，以做為學生的典範，贏取師生的認同。尤其，台大是台灣的學術龍頭，台大校長更是引領台灣高等教育與學術發展的關鍵領航者。
台大校長一職懸缺至今，究其根本是因為一年多前的學倫案重創台大以及台灣的學術形象，楊前校長也因此不再續任。從台大學倫案的查察，到此次校長遴選過程所產生的各項疑義，雖經遴委會及臨時校務會議的討論程序，但爭議並未徹底釐清，尤其當選人多項赴中兼職的疑義，亦恐有涉及違法的疑慮，教育部做為主管機關，如果不調查、不釐清，才是嚴重失職！而教育部為釐清爭議，要求台大及遴委會查明疑義，卻經常遭到泛政治化的攻擊和污衊；更因政治的操作，徒增教育部同仁在行政及業務執行上的壓力和負擔。
面對此次台大校長遴選案引發之爭議，教育部在尊重大學自主與當選人種種爭議釐清之間盡全力做妥適處理。但令人遺憾的是，遴委會及校務會議對各項爭議的處理，或以模糊帶過，乃至以擱置方式不處理；而當選人面對各項爭議則選擇不對外界公開說明，任憑疑義蔓延，不但延緩校長聘任時程，更造成教育與社會的紛擾，這已經衝擊了社會對教育部與及台灣大學校長的期許，這是令我最深感遺憾的。我從來不會畏懼職務上帶來的各種挑戰，但此次遴選案爭議的釐清過程，預期將持續遭遇到泛政治化的攻擊與污衊。幾經思考，我決定辭去部長一職，希望所有政治操作能就此停止，讓本案回歸到單純的校長遴選程序與當選人身份適格的討論。
身為教育工作者，我堅持原則，絕不戀棧職位，由衷希望我的辭職，提醒各界理性思考，可以讓台大校長遴選紛爭，有一個重新釐清的機會。
最後，衷心感謝所有教育部同仁過去一段時間的協助，珍重再見。
潘文忠 107.4.13
