台大校長遴選落幕，可是接下來的一幕是對於當選人和遴選委員之間的關係，有所質疑而上演的戲碼。於是利益衝突與迴避原則，當選人論文抄襲嫌疑等議題，被放大檢視。另外一個主軸則是學商勾結的疑慮，擔心龍頭大學因為向企業界募款，會失去學術自由和獨立性。
姑且把遴選委員和當選人之間的關係暫時放在一邊，因為依靠遴選委員會的利益衝突和關係揭露細則，就目前新聞所報導引述的內容看來，應該沒有什麼爭議，遴選委員和當選人都是依照規則行事，比較令人擔心的是學商勾結的可能性和可能帶給台大的影響。
學術和商業勾結一詞的負面意義，就是擔心學校一旦接受企業、基金會或是私人捐款，出錢的一方，可能也可以就其出資的部分附帶資金運用的範疇，提出主張和設立特殊用途的限制。依照這樣的邏輯，接受捐款的學校就會因此失去學術良心，把學校的教學方向和學術研究的重心，偏移到捐錢人的喜好，失去了學術的超然立場和追求真理知識，作育英才的使命。
但是如果平心靜氣想想，一個學術機構之所以存在，最終極的目標，不就是要研發探索新的知識，冀望在這樣一個過程中，培養人才，把研究出的成果回饋社會。無論是文理法醫工農，都有純理論的探索，也有貼近實用的研究，理論和實務是相輔相成，理論的研究加上實驗過程中，就是要尋找一個法則，以數量化和系統化的資訊，來譜出一個既定的法則。這個法則，是否可以衍伸出商機，助益整個社會，是個挑戰，也是避免象牙塔裏虛耗的良方。
捐助學術研究進而衍生商業機會，在藥學生化醫療，高能物理，電子機械，心理諮商，企業管理，財務金融等方面，都已經是屢屢証明學商合作夥伴關係的重要。捐助贊助的一方，幾乎都是有其既定的目標和理想，希望頂尖的學術機構來完成某些特定的目的和夢想。
深受自閉症，過動兒之苦的富豪，可能會要求一個學術機構來專研醫療和輔導這些特殊兒童成長的最佳方法。在傳統産業賺到錢的業主，急需要有新的科技突破來找到下一輪的商機，又缺乏現成的研發團隊，當然會指定受贈學校把捐款分配到特定科技的研究範圍。
有人一定會跳出來大聲疾呼，為那些文科的學生抱屈，學校一味的趨炎附勢、經費分配不公、＂弱勢＂科系的師資設備會愈來愈差、學校會成為學店、以及依照捐款者的喜好，把台大辦成一個依賴商業為生的大學！其實長久以來，台大醫院的收入是台大經費的一個重要來源，台大醫學相關的科系固然是一向頂尖，但是台大的文科始終在各個大學中仍然執牛耳地位，一流的教學人才和學生仍然是會朝台大靠攏，更不必擔心其他系所的師資、招生素質和經費問題。
任何有財務捐贈能力的法人和個人，都一定會理所當然地、優先考慮台大為其贊助的大學，這個追求頂尖學府為其捐贈對象，是自然現象。在台大新校長出現之際，坦承面對台大日後的募款政策，誠實接受捐贈者有其特定目的和期許，是台大邁向下一個新世代的最佳選擇。
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