從馬總統上任後，執政黨黨務系統和行政部門就因組閣問題互有心結，面對執政成績不良、立院問題不斷，黨、政系統的互相指責，更加深彼此矛盾。苗栗立委補選挫敗，是否成為執政黨內鬥的觸發劑？成為政界焦點。
正如同總統府祕書長詹春柏，在十六日面對媒體追問苗栗選舉結果時不耐煩地回應：苗栗的立委補選，「只是」地方的選舉。
沒錯，立委多一席，或少一席，都不影響國民黨在立法院裡絕對多數的優勢現狀，就算是台北市大安區的立委補選，國民黨提名的蔣乃辛要是也失利了，在立院的權力版圖上，也不是了不得的大事。
不許黨 「騎馬上京城」
只是，執政黨不能不緊張，因為國民黨主席吳伯雄從去年五月就擔憂的事，至此算是出現了徵兆。牽動的，正是黨內最深沉的矛盾，山雨欲來。
在去年五月十五日，首途「吳（伯雄）胡（錦濤）會」前夕的一場私下餐會上，吳伯雄向一些媒體朋友透露他的憂愁。
吳伯雄淡淡地說，他曾當面告訴尚未就任的馬英九總統與新閣揆劉兆玄：立委八十一席，馬蕭得到七百六十五萬票，「恐怕是空前絕後的巔峰」了，國民黨將來的選戰，只會更難打。
吳伯雄的角度，當然希望國民黨能多些資源，確保選舉的優勢。不過，馬英九的想法卻不一樣。
去年三月二十四日，馬總統與蕭萬長和競選總部的核心幹部開會，一些曾擔任過政務官的幕僚建議馬，應該要和二○○○年第一次政黨輪替時的陳水扁一樣，在四月初就組好內閣，廣納各路泛藍人馬。且組好政府後，更要立刻組織新時代的府、院、黨與行政、立法及地方縣市長間的新互動關係，「六路人馬」儘早磨合。
然而，一些與馬長期合作的幕僚群，卻鼓吹：「組得巧」，這話打中了馬總統的心坎，他當場裁定基調是「巧」。
什麼是「巧」？
是對國民黨的許多積習不信任，不願意讓國民黨「騎馬上京城」。
是對於二○一二年大選的構想，希望能夠吸納更多的「綠」色素，讓更多泛綠的選票，讓馬成為名副其實的「超越藍綠」。
是對於「後馬時期爭奪戰」的擔憂，不願意讓「後馬卡位戰」提前引發，傾向於第一批新政府的特色是一群已有年紀，不可能參與二○一二與二○一六年卡位與選舉的「老驥」。
這樣的部署，當然讓國民黨與吳伯雄失望。當天，面對著已組好的「巧政府」，吳伯雄頗無奈，他問在座所有人，「立委和總統大選期間，舊國民黨許多被人詬病的惡息，是不是有顯著的進步？既然有，為什麼國民黨還總是被當成賊？」
會這麼感嘆，是吳伯雄對於馬英九當選後，社會各界（也包含馬英九的一些講話），總是好像在防範著國民黨，似有各種對國民黨的不信任心態。身為國民黨的掌舵者，吳伯雄心有委屈，認為受到了不公平的評價。
一方面想著「走自己的路」；另一方面則不知「為誰辛苦為誰忙？」馬吳體制就這樣若即若離地磨合前進著。
執政失利 黨、政離心
一年的磨合期間，經濟局勢的衝擊不斷、政府施政的運轉不順頻傳、國民黨多數的國會不但沒可供稱許的表現，從考、監院人事，到李慶安事件、到「陽光法案」近乎停擺與修改「排黑條款」等爭議，馬吳體制的隔閡持續蔓延。
出身官僚系統的馬總統較支持行政體系。這段日子裡，每每黨務與國會系統有機會和馬英九說上話時，總會有人提到內閣該改組，哪個人不適任等等。馬總會護行政體系說：「他們就是這樣的人啦，再給他們時間。」這讓政務和黨務系統與政府體系越來越疏離。
彼此的不信任感，讓去年十月，國會內一度傳出有意操作「倒劉」風潮，驚動了馬競選團隊中不少人，暗中動員滅火，矛頭指向國民黨黨部。
到了國會經過兩會期，許多政府法案都進展不順，慢慢地，在總統府與行政院的政務官中，竟然傳出了一句話：「如果馬總統能兼國民黨黨主席，施政至少能順暢五倍！」這已經是衝著吳伯雄而來了。
暗潮中，誰也不願意先犯錯，誰也不願意先得罪人。一切不出頭免得中暗槍。於是，出了李慶安國籍事件，大家觀望；補提名立委名單，以滿足派系山頭為優先；馬英九與政院要推ＥＣＦＡ，那是馬政府的事。
馬吳體制的疏離，造成了「不沾鍋」成了新時代精神！
選民看在眼中，也疏離了。前次立委選舉有五八．五七％投票率的苗栗第一選區，在這次補選，因疏離，只有四二．一一％的投票率；竹南因替自己人康世儒出口氣，人口最多的票倉，開出了高於平均值的四七．四九％，一地大贏一萬三千票，康世儒因此得利。
苗栗敗選，引動風暴，黨內批政府政績不好、馬團隊抱怨黨對李慶安事件不處理、黨的提名不當……，相互指摘與推諉，黨、政間矛盾再也遮不住了。
十個月前，吳伯雄的「預感」，竟可能成真。
若大安區立委補選落敗，到了五月，已經積壓一年的馬吳情結，將會更遮不住了。屆時彼此系統的相互指摘，馬總統該不該兼任黨主席？馬吳之間，仍是「肝膽相照」；還是「肝膽俱裂」？大戲正要上演……。
