這次選舉荒腔走板的表現，讓馬英九輸的不只是高雄市，而是選民對他管理國家與危機應變能力的信心，更讓原本快要潰不成軍的民進黨，有了二○○八年打敗馬英九的勇氣與信心。
十一月十四日，爆出市府祕書余文假發票報帳後，馬英九的「震撼教育」拉開序幕。馬英九第一時間曾考慮辭市長，但因副市長金溥聰、祕書長李述德建議大局為重，很快就決定不辭。
特別費案當辭未辭 失去第一時間止血機會
馬的決定傳回黨內，其實有人持保留意見。副主席關中在倒扁紅潮時，就曾建議馬辭去市長職務，現在更認為馬應該以大動作自清，但馬婉拒。不辭市長的結果，是政治上無法止血，到十一月二十三日第二次偵訊時，馬英九才發現事情不對勁，因為檢方有可能起訴馬。
一向鎮定的馬英九有些慌了，他首次向友人發出求救訊號：「事情不太對，你們要幫我！」與會成員私下說，馬和他們見面時的臉色「有些慘白，心神不寧」，還一度氣到睡不著覺，但政治負面效應已經發酵。
沒想到在前院著火時，他的黨務幕僚卻在後院點火。
二十三日，馬接受檢方約談的同時，國民黨祕書長詹春柏對記者說，依照黨章，即使馬被起訴也不須辭，引起軒然大波。馬英九很生氣，事後還曾痛罵詹春柏：「你在搞什麼！」逼得他在隔天與立法院長王金平見面時，首度明白表態，只要一起訴，就辭黨主席。緊接著，中常委蔡正元要修內規，廢止起訴即停黨權規定，名為助馬解套，卻讓馬被外界再輪番炮轟一次。
馬緊急安排四場與立委座談，澄清絕對不會為自己修改內規，而立委像教導小弟般，東指西點要馬多沾鍋啦、多跟立委喝酒博感情啦，馬英九低頭猛抄筆記，連聲稱會辦理。但是「新聲會」要求「集體領導」的聲明突然流出，硬是讓馬顏面無光。
馬宋密會互信不足 曝光後各出重手對幹
抱著惡劣心情，馬英九風塵僕僕趕到高雄輔選，心情不好，決定很多事就會跟著犯錯。馬英九引以為傲的名譽因特別費可能被起訴蒙上陰影，雖然面對幕僚時故作輕鬆、毫無懼色，但私底下，他卻跟宋楚瑜方面悄悄地接觸起來。
宋楚瑜參選台北市長一直是馬英九的「燙手山芋」，十一月七日連、馬、王罕見地到連戰台北市仁愛路辦公室會面，馬被連戰狠狠說了一頓，要馬想好宋的「退場機制」；當時馬不以為意，宋賭氣拒見，馬宋會不了了之。但特別費事件卻讓馬亂了套。
藍軍知情人士事後指出，馬英九當時應該是亂了方寸，開始擔心宋楚瑜不退，謝長廷真的可能選上；只要民進黨入主台北市，馬八年執政將會有多少資料被扭曲公諸於世，對馬來說，將是不可想像的惡夢。
馬終於在十一月二十七日，再次向宋楚瑜提出見面請求，宋核心幕僚張顯耀、宋楚瑜友人楊建綱（異康公司董事長）兩個月來持續穿梭的「國親政黨聯盟」協議也重見天日，馬英九點頭願意重新考慮，宋方面頗為驚喜與訝異。宋當時認為，馬是來「求援」的，因為馬終於遇到政治上的困難，這對宋來說，簡直是「天上掉下來的禮物」。
十二月一日，馬宋見面深談四小時後，簽下國親立委選舉合作的政黨聯盟協議。當下宋楚瑜講得很明白，他願意馬上宣布到高雄去輔選親民黨市議員候選人，這樣外界就知道他不選了，馬英九高興地直點頭，但他沒想到的事情卻接二連三發生了。
十二月二日凌晨二時，眼睛都快張不開的馬英九離開宋楚瑜仁愛路基金會，四個小時不到，再度從家裡趕到松山機場坐飛機；睡眠不足、累得快死的他，壓根沒想到謝長廷已經拿到他的座車進出宋基金會的照片，正在台北開記者會大爆料。
當馬宋密會曝光的消息傳進正在旗津港口吃冰的馬英九耳裡，馬對宋的不信任感一湧而上。
同時宋楚瑜又公開狂打「宋進市政府、馬進總統府」宣傳攻勢，馬英九怒不可抑，他沉著臉，認為宋楚瑜擺了他一道，不但拿到他親筆簽下的政黨聯盟協議書，還開始大玩「棄郝保宋」，企圖讓馬啞巴吃黃連。
政治情勢險惡至此，馬英九也硬著頭皮跟宋開幹，反駁「棄郝保宋」外，黃復興黨部「四捨五入（捨四號宋，投五號郝）的文宣立即發出；馬幕僚更對媒體放話說，「馬宋會」是宋想見馬，馬很不願意，不得已才答應見。這果然讓宋暴跳如雷，馬看了報導也不作聲，兩人前一天的「相談甚歡」已煙消雲散。
但簽字文件在人家手裡，馬英九深知，如果宋選後拿出來，勢必搞得難看，而且馬自己口口聲聲說不要密室政治，雖然很氣惱，馬還是在十二月三日緊急寫下一張紙條，託張顯耀交給宋，表達相關善意。張顯耀後來也影印馬紙條給媒體，證明馬沒有放棄國親聯盟。
馬宋密會風波讓馬緊急回防台北，但高雄又開始出狀況。綠營在十二月三日愛河牽手的活動顯現威力，國民黨機密民調出爐，黃俊英與陳菊的差距竟然從前一個禮拜的領先一二％，縮小到僅三％左右，幾乎是誤差範圍，選情進入危險期。
面對高雄可能失守的危機，馬英九決定最後三天都住高雄，不斷安排掃街，與高雄市選民握手、再握手，希望拉回黃俊英的優勢；馬英九深知，台北「棄宋保郝」已經發酵，但高雄反而危險。
馬英九雖然駐守高雄，但連日來的疲憊，已經讓馬情緒有些失控。國民黨高雄市黨部六日發了一個採訪通知，「馬英九主席晚上十點半，在愛河河邊曼波露天咖啡，請媒體記者喝咖啡聊天」，馬準時出現，一路和民眾握手，不料坐下來後，突然滿臉不高興，覺得一桌一桌的散開，他沒有辦法和記者們坐在一起談，竟然當場起身走人，前後不到一分鐘。
馬帶著臭臉離開時，民眾衝上去握手，馬頭也不回，隨意伸出手握了一下就離開，高雄記者當場拍下了這些鏡頭，還放在網路上傳閱，馬的態度惹惱了一缸子高雄在地記者。但是這些尚不足以影響黃俊英選情，真正動搖黃選情的最大危機，竟然來自九日選前之夜造勢活動結束後。
面對陳菊陣營壓箱攻擊 應對完全荒腔走板
當晚馬英九已回到飯店，和幕僚商量選情後就上床就寢，沒想到睡了不到一小時就接到電話，原來陳菊陣營拍到疑似黃俊英陣營發「走路工」的鏡頭，正開記者會大肆抨擊。
馬聽了這消息後，心情大受影響，交代幕僚立即處理，悶著頭睡了一覺後，第二天大清早起來就情緒不佳，吃早餐時，馬怒指著高雄市黨部主委許福明：「你們控告陳菊動作還是不夠，黃俊英要更積極點啊！」
但是馬碎碎念也沒用，他自己也拿不出個方法，只是氣惱地飛回台北，再不斷地用電話指揮黃總部趕快開記者會。黃總部卻告訴黨中央，要等陳菊開完記者會才要開，等到黃俊英出來時，新聞都已經反覆播放陳水扁總統投票講出「有人發走路工」的鏡頭已兩個小時；馬氣得七竅生煙，只好親自上鏡頭再批扁，但為時已晚，台北媒體開始批評馬英九不敢擔保黃俊英。
選前二十天，馬英九在特別費、馬宋密會、走路工等事件上，一路顯示危機應變能力混亂，拿不下高雄，國民黨無法突破南台灣的綠色防線，已經讓馬的總統路荊棘滿布；選前二十天內暴露的危機管理全然失控，更讓「馬英九神話」一去不復返，流失政治權威與民眾信任的馬英九，未來的路已不再好走。
