有功必賞，有過必罰。在經歷選舉過程的風風雨雨後，阿扁的用人哲學，完全是治天下的人就是打天下的人。
入閣思路一：回饋南部選民
選後的內閣改組，以第一波人選是內政部部長蘇嘉全與外交部部長陳唐山而言，便是論功行賞的代表。蘇嘉全不只是這一屆賣力輔選，在二○○○年總統大選時，只要陳水扁到屏東，蘇嘉全不但全程坐陪，而且還賣力動員，最高紀錄是一天排定十七個行程，即使陳水扁精力過人，只要到了屏東，晚上都會累得說不出話。
陳水扁於總統任內，蘇嘉全推動縣內重要活動時，不論是鮪魚季還是風鈴季都是以陳總統為代言人，毫不保留的把光彩留給陳水扁。
這樣的努力得到陳水扁高度的賞識，再加上南台灣開出的選票亮眼，應重用南台灣的公職，因此扁早就認定蘇嘉全是接任余政憲擔任內政部部長的最佳人選，當游錫建議以政務委員葉俊榮取代余政憲時，陳水扁毫不考慮地回絕，甚至在游錫徵詢蘇嘉全意願之前，就直接打電話給蘇，敲定這項人事。
陳唐山雖然看不出具有認真輔選的姿態，而且他過去的副手林文定甚至多次跳出來痛批陳水扁，但陳唐山畢竟是除了陳水扁之外，台南縣最具代表性的政治人物，這次陳水扁在台南縣幾乎拿下七成的選票，不能不對台南鄉親有所回報，陳唐山自然是最合適的代表。
入閣思路二：表揚選舉有功
為了安排陳唐山，陳水扁暗示簡又新提前下台，以便陳唐山在內閣總辭前接任，否則五二○外長要接待外賓，又要辦理交接，新外長將分身乏術。由於簡又新不是因為有過錯下台，並被承諾另有他用，因此簡又新宣布辭職時，臉上堆滿笑容，目前也確定他將再度外派駐外代表。
葉菊蘭則是客家選票成長有功，在扁心中早已決定將提拔葉菊蘭為首位女性副閣揆。游錫不願葉菊蘭接任副院長，一度努力慰留先前傳出與他不合的林信義，扁在這過程中不發一語，不介入慰留的工作，待林信義確定請辭，再順勢推葉菊蘭上去，游揆只能接受。
被視為謝系色彩濃厚的立委卓榮泰，此次改組中，進入扁核心團隊，擔任總統府副秘書長。有人解讀這是為了平衡蘇貞昌與謝長廷的勢力，事實上進了府之後都是扁的人，沒有平衡的問題，陳水扁對卓榮泰印象深刻，是因為當花蓮補選民進黨慘敗，全黨陷於低潮時，卓榮泰把連戰與宋楚瑜的名字拆開，把連與瑜各取一邊，合併為「輸」，聽得陳水扁龍心大悅。後來卓榮泰把連宋互批的句子印成樸克牌，被視為充滿創意，選舉的傑出表現，才是入府的關鍵。
入閣思路三：培植接班梯隊
有賞就有罰，在選舉中凡是意志不堅，或是沒有善盡輔選責任者，都是必須馬上去職的人。警政署署長張四良是第一個被點名者，選舉期間張四良被認為與泛藍交往密切，選後馬上被要求下台。
除了論功行賞、有過必罰之外，黨內地位逐漸鞏固的陳水扁並已開始為黨的長期執政做準備，於是重要的大位如二○○八年的總統與接下來的北高市長，繼任者都必須預先規劃，才能取得先機，維繫黨的政權。
蘇貞昌很明顯是扁重點栽培的人物，阿扁希望蘇貞昌進入總統府擔任祕書長，很明顯是循游錫模式，由府祕書長接任閣揆，累積日後爭大位的基礎。羅文嘉的客委會主委則明顯是衝著台北市長選舉，客家票在北市約四十萬票，過去這些選票多半偏向泛藍，失去外省與客家選票的民進黨無法在北市與泛藍進行一對一的廝殺，如果羅文嘉在客委會表現亮眼，得到客籍人士認同，起碼在北市族群對決中，民進黨不會居於劣勢。
陳其邁的入閣很明顯也是為培養完整經歷，為日後參選高市市長鋪路，只是扁原本承諾陳其邁擔任行政院祕書長，游錫不同意，折衝的結果，陳其邁只好依林佳龍模式，以顧問身份接任發言人。
陳水扁確定了論功行賞的主軸，為接班梯隊預做準備之後，剩下來的就交給游揆處理，前半段不管陳水扁是選舉考量，或是培養自己人，基本上是節奏明快，理路清晰，受封領過的人都心服口服，但游錫主導的後半段，就邏輯不通，甚至給人只會用自己人的口實。
不過，游揆在四月初陸續與各界精英接觸，有人建議一些讓內閣耳目一新的名單，如惠普台灣區董事長何薇玲接國科會主委，禮聘嚴凱泰接經濟部長，陳長文、徐小波等在法界享有一定地位的人擔任法務部長。
游錫對於學者及財經人士的建議頗為重視，但是似乎仍有不同的聲音及執行上的難處。
入閣思路四：強用自己人？
游錫起初有意任命葉俊榮擔任內政部部長，消息傳出就引起黨內嘩然，內政部部長是第一大部，是黨內公職最覬覦的位子，竟然曾考慮交給一位沒有政治實力的學者，後來又把文建會主委陳郁秀換下，由游系人馬陳其南接任。陳郁秀被認為在文建會表現傑出，陳郁秀的亡夫盧修一是新系的老大，因此引發派系的不滿。
教育部部長黃榮村的去職，從彰化縣長翁金珠到故宮博物院院長杜正勝都可以接任，也完全看不出此一職位更替的脈絡與用意為何。因此外界批評這次的內閣改組只打了半場好球，後半場是荒腔走板，只感到游內閣的格局狹小，手法粗糙。
游錫身旁人士解釋，由於年底立委選後還會有一波改組，因此這屆的內閣只有不到一年的壽命，情勢不穩的狀況下，沒有人願意進入此短命內閣，此說聽起來有道理，但有些人看不出被換的道理，換上來的人的評價又沒有現任者高，才會引起黨內與社會的非議。
過去國民黨時代的內閣從閣揆的特質與閣員的專長分佈，往往被賦予所謂「財經內閣」、「治安內閣」的稱呼，內閣日後的施政重點與方向，約略可以從內閣組成的思考看出端倪。
但這次的改組，據聞李應元、林佳龍和陳其邁的意見頗受重視，不過，整體而言，可以凸顯黨的世代交替與黨的活力外，不論是論功行賞，或是厚植實力，都讓內閣人選的思考顯得片斷零碎，看不出整體的氣勢，更不能理解游內閣未來的施政重點為何。
