藍綠兩軍在立法院激烈攻防後，將最棘手的更改國旗、國歌、國號、領土等議題，回歸修憲高門檻的限制。敏感的統獨公投，因此將成為高難度、不易執行的議題，暫時解除了兩岸的緊張。
這部憲法最受人詬病的是只有人民、國會有公投發動權，而且明定立法院各黨依政黨比例組成的公投審議委員會，掌有公投提案、公投事項認定的審核權。而另外如果國家主權受外力威脅時，總統可就國家安全事項進行「防禦性公投」。
國會伺機擴權 壓縮行政機關發動權
這些部分除了防禦性公投外，被外界批評是國會擴權，由於公投法是人民行使直接民主的保障，主要就是針對代議政治的不足，但一旦由代議政治中的國會審查人民公投的提案，就成了一件可笑的事。
另外，在法律秩序的錯亂部分，更使這部公投法受到違憲的批評。由於公投還沒有入憲，但卻可以處理憲法修正案的複決，以法律位階來說，可說是十分錯亂，主因就在公投立法過程草率，泛藍版本中的憲法修正案的﹁原則﹂兩字誤植為﹁複決﹂，這樣一來，將使作為國內最高法秩序規範的憲法尊嚴喪失殆盡。
不過，雖然法律位階發生嚴重失序，但在政治和兩岸議題上都有意外收獲。原本國親堅持的﹁排除國旗、國歌、國號、領土為公投事項﹂，最後表決時並未提出，只在公投事項中增列了﹁修憲複決﹂了事，但這樣一樣，更改國旗、國歌、國號、領土等議題，將回歸修憲高門檻的限制。敏感的統獨公投，因此將成為高難度但仍有彈性解釋空間，不易執行，暫時解除了兩岸的緊張。
這部由國親兩黨實質主導的公投法，最大特點是﹁壓縮行政機關發動權﹂，往後行政機關如計畫舉辦公投，除透過執政黨團在立法院發動，或藉由人民連署外，沒有主動提出任何公投的權力。
這使得執政黨一直在進行的諮詢性公投不得不喊停，執政黨的選戰步調受到影響，包括核四公投、加入世衛及國會席次減半的公投都無法舉行，﹁公投制憲﹂的選戰主調不得不調整，於是陳水扁總統在二十九日提出啟動防禦性公投的構想。也使總統大選到目前仍陷入公投的攻防戰之中。
華府關切無處不在 激進路線拉回安全路線
整個過程中，美國華府的﹁關切﹂，完全反映在朝野黨團動作裡，國民黨鞭李嘉進就坦承曾接獲希望在野黨﹁自制﹂的電話。民進黨團面對台聯、蔡同榮版的統獨公投，均以棄權面對；藍軍內部，國民黨團原本要﹁除公投審議委員會外全部開放﹂的激進路線，也在親民黨團堅持下，全部拉回安全路線。
國親公投小組日以繼夜開會，商議在連戰﹁維護中華民國主權獨立現狀﹂原則下，如何在戰術上逼綠軍表態。過程中，在無黨籍立委陳文茜分析下，藍軍主戰派的意見占了上風。
國民黨主戰派以來自ＡＩＴ的訊息主張，美方與國安系統已對民進黨政府表達關切，既然如此，國、親兩黨更應將民進黨逼到牆角，讓民進黨窘態畢露，既無法對基本教義派交代、又讓中間選民看清民進黨﹁說一套、做一套﹂的真面目。
國民黨主戰立委認為，為了在覆議戰場贏得漂亮，國親應謹守住公投審議委員會，開放其他爭議條文，讓行政院覆議正當性降到最低。但親民黨張顯耀認為，行政院為幾個條文提覆議，將成為﹁阻擋公投三讀﹂罪人，只會對其不利，國親根本不需怕成這樣。
防禦性公投多此一舉 泛藍憂心被當作選戰工具
親民黨團總召集人周錫瑋和國民黨團書記長李嘉進都表示，防禦性公投是多此一舉，但若國親強制反對，陳水扁一定會在選舉時大作文章，給國親戴帽子。一度棄權的國民黨立委林益世也說，陳水扁的誠信太差，國親多人擔心他藉此任意發動公投，拿來當選戰工具。
在綠營方面，最大的問題就是蔡同榮版公投法，由於民進黨已完成黨內整合，無意在公投法中被逼對改變現狀表態，立法院院會處理公投法逐條表決前，民進黨臨時提案撤銷﹁蔡同榮版﹂公投法，引發藍營高度不滿，朝野協商破裂，並針對蔡版公投法是否撤案進行表決。
經過兩次表決，票數相同，出席二○九人，贊成九十五票，反對一一三票，棄權一票，撤案表決不通過。雖然，國親強制要求泛藍成員﹁無條件支持蔡同榮版﹂，但新黨唯一立委吳成典仍堅持新黨不支持台獨立場，在第二次表決時投出棄權票。
然而，國親雖反對蔡同榮版撤案，但進入逐條表決時，面對蔡同榮版第二條主張﹁以國家領土範圍之公投﹂的主張，藍綠兩軍立即升高對峙；原本宣稱在公投完全開放、毫無底線，絕對會支持蔡公投的國親兩黨，馬上結合無黨籍聯盟，翻臉不支持蔡版的修憲公投版。
當表決時，台聯黨團在台前拉起﹁公投不設限﹂看板，強調台聯立場，要求民進黨跟進，國親和無黨聯盟則迅速舉起棄權牌，並在一旁順勢高喊﹁蔡同榮加油！﹂不過，民進黨稍後也舉起棄權牌，民進黨所有出席立委包括蔡同榮，全部以棄權表態。
最後國親版本進入表決，儘管台聯、民進黨聯手反對，但藍軍挾帶過半優勢，順利通過﹁全國性公投適用事項為法律複決、重大政策、立法創制、憲法修正案複決﹂，並在行政院設公民投票審議委員會。
二、三讀文字有出入 一度被質疑立法無效
而這次過程最嚴重的爭議，在於公投法三讀後，民進黨團意外發現三讀和二讀文字有出入，並立即提出兩項修正動議，國親也提出八項修正動議進行﹁補正﹂，使議程延後結束。泛綠陣營當場痛斥﹁作弊、偷渡﹂，最後並退席，且主張這次立法無效，將聲請大法官釋憲。
王金平說，公投法條文複雜，朝野能在短短一天內完成立法已屬難得，難免會出現前後條文衝突、矛盾之處，但稍後在立法院法制局逐條比對下，已藉由國親名義提案修正通過，朝野不宜再爭論是否牴觸憲法。﹁朝野如果有意見，可以去提釋憲！﹂於是，公投法就在這種情況下通過了。
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