在醫院防疫戰線幾近崩潰的情況下，陳建仁臨危受命接任衛生署長。
但在如此壓力下，他還是微笑以對。或許在他虔誠的信仰中，他找到犧牲奉獻的精神；橫亙在他前面的，即使是萬丈深淵，他還是會勇往直前義無反顧。
儘管，SARS 疫情的持續變化，壓的新任衛生署長陳建仁幾乎喘不過氣。 但在五月十九日夜間七點，陳建仁依舊帶著全民的期待，坐上飛往瑞士日內瓦的班機，參加世界衛生大會（ WHA ）。在機場的他，臉上堆滿笑容。 雖然內心有一絲絲的忐忑，然而，在穩固宗教信仰的支撐下，陳建仁依舊表現出樂觀、堅定的模樣。
雖然，至今社會對疫情仍處於集體憂慮的狀態。但在陳建仁心中，事情似乎不必這樣悲觀看待。在陳建仁仍為專家小組召集人時，表示「台灣防疫確實有破洞，但是一個可以『即時彌補的洞』」。而如今，他成為衛生署長，陳建仁對於台灣的 SARS 疫情，是不是還有相同的信心和期待？在以赴湯蹈火的心情接任衛生署長之後，對於台灣的疫情防治，他又有什麼新看法？
「這是一場永不止息的聖戰」
在 SARS 蔓延的這個月，陳建仁就飛了日內瓦兩次，長途跋涉去參加世界衛生組織的大會。第一次去時他仍是衛生署專家小組召集人，代表的是學術有成的科學家，應邀發表演說。第二次再去，身分已經轉換為衛生署署長，代表的是中華民國政府。
今年五十二歲的陳建仁，一家都是虔誠的天主教徒。在他國科會辦公室的牆上，掛著一幅基督的畫像，畫中的基督閉著眼睛，似在沈思，又似在心中祈禱，祂是陳建仁患難中的安慰和信心的來源。
有了基督給的信心和勇氣，陳建仁勇敢地接下了現今最燙手、難當的「衛生署署長」職務。
不過，接掌衛生署，並不是陳建仁第一次踏入官場。他在台灣大學公共衛生研究所擔任教授時，便曾兼任國科會生物發展處處長，後來雖然離開了，卻又在兩年後，應現任國科會主委魏哲和之邀，又在中研院院長李遠哲強力推薦下，擔任國科會副主委一職。
「公共衛生是愛與和平的志業，」陳建仁說：「這是一場永不止息的聖戰。」陳建仁對於接任衛生署長這件事，以上帝給他的考驗來面對。
社會是一個生命體 驚慌反而會壞事
當時陳總統在電視上第一次針對 SARS 發表演說，接著由陳建仁說明 SARS 的疫情，說話不疾不徐，穩健的台風令人激賞。他在電視上說：「驚慌反而會壞事。」
陳建仁表示，從公共衛生的社會觀來看，社會是一個生命體，任何個人都像是肢體，是葡萄樹的枝葉，是社會網絡的節點。任何肢體受到傷害，其他的肢體也一起受苦；任何節點有所缺失，整個網絡也會受到動搖。因此，在接任衛生署署長之後，他更強調，在全民集體投入防疫工作，要加強防疫共識的概念。
然而，眼看 SARS 疫情引發的集體恐慌，陳建仁很是感慨。
「如果再不理性面對，台灣只能祈禱了。」在一個訪問場合裡，陳建仁一臉憂心地說。雖然，流行病的防制是陳建仁的專長，然而，對於台灣常處於非理性的恐慌狀態，陳建仁也很無奈。
參加慈幼社 人生開始轉變
沒有人是天生的專家，對於陳建仁來說也是如此。會走上流行病學的研究領域，陳建仁有自己的故事。
原本念台大動物系的他，並非一開始就對公共衛生領域產生熱情。然而，為什麼會半路出家，選擇流行病學來作為他一生的志業呢？「說來話長，這其中真的是有一些機緣在裡頭的。」
原來，在陳建仁剛念大學時，他就參加了社會服務性質的社團慈幼社，許多個星期天，數不清的假期，陳建仁都獻身給了社團，從事社會服務工作。一方面因為本身的宗教信仰，再加上一天天對社服工作的著迷，陳建仁不禁想著：「我是不是該讓自己的未來，走在自己感興趣的路上。既然要走向社福的路線，與衛生福利有關的公共衛生研究所，應該是很好的選擇。」就這樣陳建仁走上了公共衛生服務的路上。
對於陳建仁而言，一個單純的社團和興趣，卻是他人生的一塊重要的敲門磚，開啟了他走向在公共衛生領域裡服務社會的大門。
領導才能來自縣長父親陳親安
因為陳建仁在學界的聲望，因此在這次的防疫工作上，深受政府倚重，帶領整個醫療體系迎戰 SARS。 他的好朋友國科會生物科學發展處處長魏耀揮也認為，陳建仁的確在醫病系統中扮演了很優秀的領導角色。
陳建仁回憶，如果說他這一生有些領導長才，這要歸功於他的父親陳親安。他說：「曾經擔任高雄縣縣長的父親一直告訴我們，一定要記得回饋社會，而且要學會如何和團體相處，因為一個人的力量是有限的。」
除了領導能力的訓練和培養，對於父親開放式的教育，陳建仁至今仍感念在心。雖然，他和目前在共同幅射中心擔任主任的弟弟陳建德個性很不一樣，但父親卻沒有對他們做什麼過多的干涉，而是讓兩兄弟適性發展。弟弟在年輕時的功課雖然沒有他優秀，但現在也和他一樣成為中研院的院士。
一家都在做社福的工作
當陳建仁夜以繼日的在為 SARS 努力奮鬥時，他的家人，包括他的女兒和太太，也在另一個崗位上，為社會貢獻心力。
他的大女兒從陽明醫學院護理系畢業後，選擇在耕莘醫院安寧病房當特別護士。已從中華電信退休的太太，現在也選擇在教會聖家堂當義工。在東吳大學念哲學系的小女兒，也有著和他一樣關懷社會的心。一家都這樣投入社會服務的工作，是不是受了父親的影響呢？陳建仁很靦腆地笑了。
對於陳建仁接下衛生署署長的工作，外界普遍給予高度的肯定和期待。然而，陳建仁是不是可以不負眾望？這位國內第一位沒有醫生背景的署長，似乎還有許多的事情要克服。如何在沒有醫生臨床經驗的條件下，補強防疫上對醫院體系的統馭？而陳建仁可不可以放下公衛界權威的身段和醫界合作？
李龍騰、邱淑媞都是他學生 調查烏腳病救了不少人
「不要讓民眾認為，衛生署心目中只有 SARS 而已，一切工作都要如常的進行。」在上任後的第一次主管會議上，陳建仁給衛生署同仁這樣的期許。
衛生署副署長李龍騰是陳建仁博士班的學生，今日師生同朝為官，讓臨時被換老闆的李龍騰，心中沒有太大的反彈。
對這位老師兼長官，李龍騰以一件事，說明他對陳建仁的尊敬。當時李龍騰寫了一篇論文，交給陳建仁，陳建仁幫他從第一個字改到最後一個字，而且不假手他人，「換做是別的指導教授早就丟回給學生，叫學生自己重寫了。」李龍騰說。陳建仁「待人從寬，律己從嚴」的身教，使李龍騰在課業之外學到了寶貴的人生道理。
桃李滿天下的陳建仁，學生遍佈醫界政界——疾病管制局組長陳國東、國防醫學院病理科醫師姚振文、中山醫學大學副教授李宗學、台北市政府衛生局局長邱淑媞，以及國民健康局組長孔憲蘭等。
陳國東談到當年陳建仁在調查烏腳病的流行原因時，陳多次南下嘉義，親自到病人家中調查訪問，後來找出原因是地下水出問題，便建議政府改善，救了不少人。
秉持一貫沈穩的個性，陳建仁接下重責大任，在疫情蜩螗風雨飄搖中，有那麼一點時勢造英雄的味道。陳建仁出線，任內還來不及運籌打仗，便先到世界衛生組織報到了。但回國後，行之已久的官僚體系會不會因陳建仁而改變？陳建仁會帶來的是防疫工作上的新突破，亦或是造成體系內的另一場風暴和混亂，這比起對陣前換將的討論和質疑，似乎是更值得觀察和注意的事。
