儘管為了「宋張配」離開長庚體系三年多，張昭雄還是相當關心醫界訊息，此次為了 SARS 疫情，他不辭辛苦，不時地上媒體呼籲政府及民眾要建立正確防疫動作，不是只有治療，最重要的是有效隔離。
五月十二日一大早， 高雄長庚醫院傳出醫師疑似感染 SARS，曾經是長庚大學校長與林口長庚醫院院長的親民黨副主席張昭雄，立即飛往高雄了解疫情。儘管為了「宋張配」離開長庚體系三年多，張昭雄還是以長庚醫院顧問角色參與王永慶的醫療體系相關活動。這一次，他代表宋楚瑜參與「朝野領袖防制 SARS 疫情會議」後憂心忡忡，對於當前的防疫政策，張昭雄不厭其煩地透過媒體傳達他的觀點。
「每個人都不敢去看病，大家的健保費沒少繳一毛錢，健保局的年終獎金還是滿滿，但是，這一次的防疫工作，健保局做了什麼？」從一開始政府把重心放在積極治療、維持三零的階段，張昭雄就不斷呼籲整個防疫體系應該打破這個迷思，全力做好防疫。張昭雄在醫學界的地位，並沒有因為他擔任親民黨的副主席而改變。這一次，他真的很擔心，也希望整個防疫措施能夠對症下藥。以下為張昭雄的現身說法：
從四月中旬傳出 SARS 疫情蔓延，我就不斷的呼籲，希望政府的指揮中心趕快成立，並做好有效管理，尤其在長庚體系，王董事長（王永慶）很早就允諾要捐出二億元，作為長庚大學與長庚醫院研究 SARS 的經費。五月一日，我代表宋主席參加「朝野領袖防治 SARS 疫情會議」，我看到陳總統提到「目前醫療人員的調派及防治，都已經步上軌道」。當時連擔任台大醫師的立委高明見也在立法院建議，疾病管制局應在機場等重要關口量耳溫，沒想到被立法院的許多同仁嘲諷。起初政府的防治體系一直強調「治療」，而忽略了「防治」。
五月一日，陳總統將防疫提升到國家安全層次，當時的防疫召集人為行政院長游錫堃及中研院長李遠哲，總統還認為利用「科技」可以加強防疫，我卻認為科技防疫緩不濟急。陳總統直到聽了台大醫院院長李源德的看法，才緊急召開八大醫學中心的院長會議，並發現負壓病房不足、口罩和隔離衣缺貨等問題事態嚴重，整個防疫方向才轉向有效隔離。但是，到目前為止，第一線的醫療人員還是出現這些資源不足的問題。
SARS 第一階段是決戰境外，避免境外移入，如果境內感染已經發生了，醫療系統是非常重要的防線。以長庚的負壓病房為例，過去長庚的負壓病房都是分散在各樓層病房，我當時就覺得這樣要防治 SARS 會事倍功半，所以我就建議長庚立刻規畫頂樓集中的「 SARS 負壓隔離病房」。在長庚醫療系統，院長身邊都有一、兩百位幕僚負責規畫執行，所以，就防疫來說，每一家醫療院所都應該要萬全的準備，不要「隔岸觀火」。尤其整個指揮團隊的組織應該是有人負責在前線打仗，有人負責後勤規畫補給。
健保局年終獎金奇高 防疫卻不見人影
第二階段才是追蹤感染源，健保局應該要在這個時候出來，負責追蹤所有通報病例的感染源。健保局有很多專業的公共衛生專業人員，這一次 SARS 大家都參與了，只有負責「收錢」的健保局不見人影。今年的年終，健保局的年終獎金會大幅提高，因為健保今年肯定賺大錢，健保的功能應該還是包括預防工作，健保局應該有足夠的人力資源去追蹤這些通報病例。但是，到目前為止，我們看不到健保局做了什麼事。
第三個問題是「執行力」。目前整個防疫措施最缺乏的是周延的標準作業程序（SOP ），像內政部長余政憲帶著媒體突擊檢查居家隔離者，這種作法可以說有心但是無方法、缺乏策略。其實，針對個人防治、居家隔離、封院作業程序、被隔離者的「出場機制」等問題，都應該訂定具體的標準作業程序。
對於口罩短缺引起的囤積、哄抬價格等問題， 我覺得這是政府沒有做到 e 化管理所造成。如果衛生署可以把國內所有醫學用口罩、防護衣的分配，都上網公告，哪一家醫療院所分配多少？價格多少？這些工作只要每天幾分鐘上網公告就能清清楚楚，這也是「網路政治」的一環，為什麼現在連口罩問題還是一場混亂。
至於治療上的問題，兩岸三地應該要合作，尤其大陸地區疫情恢復的病人比較多，是不是要用這些恢復的病人的血清作為免疫球蛋白研發的基礎，可以慎重考慮。台灣假如恢復的病人夠多，應該就可以開始研究用免疫球蛋白治療。
大選後再談未來生涯 張昭雄要輔選宋楚瑜到底
最近，張昭雄很忙，在親民黨內幾乎所有與 SARS 防疫有關的議題，都是以他為首。朝野領袖防治 SARS 會議，他代表宋楚瑜與會，一開始綠營批評張昭雄的「位階」問題，後來，親民黨對外說明，以副主席張昭雄的背景，參加這個會議的功能遠勝於主席宋楚瑜。親民黨這步棋，狠狠讓民進黨吃了一記悶棍，因為，民進黨即使面對無國界、無黨派的 SARS 防疫問題，還是不脫「政治化」。
今年二月連宋配成軍，很多人把張昭雄視為最大輸家，甚至還有老友建議張昭雄不如趁機脫離親民黨。可是，張昭雄堅持要陪宋楚瑜打贏二○○四年總統大選這一仗。至於未來的生涯規畫，張昭雄說，「選後再說吧！現在努力協助宣導防疫工作，是最好的輔選策略」。
從三年前決定擔任宋楚瑜的副手，從醫界轉戰被視為「不歸路」的政壇，張昭雄說，他一點都不後悔。尤其三年前「落選」的那一刻，還有一位多年老友打電話給他，擔心他得了「失望性憂鬱症」。
張昭雄透露，當初他在三個小時內就答應與宋楚瑜搭檔，主要是因為「當時的國民黨實在太爛太爛了」，他支持「國民黨應該下台一次」，所以，即使阿扁當選，他認為仍然達成了心中的目標。
八掌溪後曾經一度與綠營接觸，讓外界傳出了「求官論」，張昭雄說，在他的觀念裡，剛剛執政的總統陳水扁，輾轉透過管道希望有機會與宋先生接觸，他也支持阿扁這麼做，他認為宋楚瑜有地方執政的經驗，幫一點忙、提供意見是很正常的事，沒料到引起那麼大的政治風暴。
現在，看著當年曾經是「好朋友」的總統陳水扁，張昭雄似乎也有很多的意見，對於阿扁的表現，張昭雄說：「他的個性到現在都沒有改」。至於是否考慮有一天離開政壇，回到醫界服務，重拾熟悉的聽筒？張昭雄坦然笑說，很多年輕人陸續出頭，我所擁有的已經夠多了。
