美阿開戰，沙盤推演一個月的總統府「九一一因應小組」，也在十月八日凌晨美英聯軍轟炸阿富汗的同一時間，啟動國安機制。雖然戰場不在台灣，不過在國安系統的演練規模卻遠超過以往的國際戰爭，從軍事戰備到生化武器推演，甚至凱達格蘭大道要不要加護欄等安全架構，都出現在國安系統的模擬戰中。
從九一一到十月八日美英正式開動攻擊的將近一個月，陳水扁一直緊盯國安系統對國家安全網的架構，光是由他親自主持的高層會議就開了三次，包括外交、財經、軍事、交通等相關單位也開始「補破網」，阿扁也要部會首長出考題給行政機關因應，譬如交通部如果火車站發生毒氣攻擊，要如何疏散旅客、道路淨空？外交部要把中東僑民疏散到土耳其？經濟部的油田採買要如何分散風險？衛生署的病毒解毒疫苗供給是否備妥？主管大宗物資的農委會，如果糧食不足要釋放休耕農地等等問題，定時追蹤行政部門危機總動員的能力。
汽車炸彈如果發生──玉山官邸毫無防衛空間
在美阿開戰後，陳水扁表示，各單位已經按照國安系統預先擬定的五十五項因應計畫及二十一項突發狀況進行緊急處理。不過在體檢國家安全網的過程中，也發現台灣對恐怖分子的危機處理能力，的確是讓人有點「恐怖」。
首先在國家元首的安全上，因應小組就發現，博愛特區因為太親民、太開放了，譬如陳水扁居住的玉山官邸，周遭是車水馬龍的道路，不但管制困難，而且沒有緩衝區，以中東恐怖分子常常發動的汽車炸彈攻擊事件來看，如果發生在台北，玉山官邸根本沒有防衛空間。
國安系統評估，以台灣目前總統官邸最好的位置，就是兩蔣時代的士林官邸與大直官邸，因為就地形來講，兩者都是封閉建築，而且單一道路通行，便於管制，不過，士林官邸已經開放民眾參觀，而大直官邸則還有蔣方良居住，所以因應小組也只能在位於重慶南路的玉山官邸上做補強工作，例如增建防護牆，以防恐怖攻擊。
信義首長官邸產權複雜
除了加強元首官邸的安全之外，首長官邸的安全度也在這一波體檢中暴露無遺。例如位於大安路張俊雄的院長官邸，就被認為是安全度很低的地點，周遭的公寓都比官邸高，只要掌握公寓高層，就可以對官邸動靜一覽無遺。
而最離譜的官邸，首推位於信義路三段的首長宿舍，這是一棟混合式住宅，包括總統府祕書馬永成、行政院祕書長邱義仁、交通部長葉菊蘭、勞委會主委陳菊、新聞局長蘇正平統統住在這裡。
不過這一棟十六層樓的大樓中，產權複雜，除了部會首長外，還有一般住戶，包括銀行經理、外商公司人員、水利會系統、律師甚至演藝圈的著名經紀人王偉忠，都在最近搬入信義官邸，成為首長們的鄰居。
信義官邸的安全管理缺失一直都被詬病，雖然有二十四小時警衛，但前陣子某周刊還以送水果的名義，輕易地上樓，拍到馬永成女友的照片，讓居住在裡面的官員人人自危，深感隱私權不保。
模擬戰規定兩小時內要做出因應對策
九一一發生後，警政署還特別開會檢討，目前門禁已經日趨森嚴，對面的大安公園也進行過地毯性的檢查，避免可疑物品出現，同時信義官邸列為這次警政署「一級開設」的警戒範圍內。
在九一一因應小組的模擬戰中，曾經規定相關部會首長必須在第一時間聚集開會，兩小時內做出因應對策。因此，十月八日凌晨，美英聯軍在台北時間凌晨十二點半左右發動攻擊，行政院部會首長在一點左右就接到消息，要求一點半集聚行政院開會。
許多部會首長在睡夢中被叫醒，披衣疾行，交通部長葉菊蘭還在女兒的陪同下，坐著計程車到行政院開會，行政院也破天荒在凌晨三點召開記者會，宣布政府的相關因應措施。
陳水扁剛擔任台北市長初期，曾經發生過快樂ＫＴＶ大火，當初陳水扁對市府局處長的危機處理能力不夠快速頗有微辭，在大哥大還不普遍的時代，市府要求局處首長與機要祕書一定要佩戴二十四小時不關機的呼叫器。
一位幕僚回憶當初，半夜連聽到熱水瓶沸騰的嗶嗶聲都會驚跳起床。從市府團隊變成這次國家團隊，從公共安全到國家安全，在九一一因應小組中，陳水扁這次還是展現他一貫強勢的主導作風，讓許多單位壓力不小。
開戰日丁渝州在第一時間向總統報告
例如九一一當天，陳水扁返回官邸後打電話給國安會祕書長丁渝州，國安系統委員才趕回辦公室開會，顯然有點「慢半拍」，而八日開戰當時，國安系統警覺性就高了許多，總統府特別表示，丁渝州在第一時間打電話進官邸向總統報告。
在行政系統方面，陳水扁也打了電話給張俊雄要求漏夜找閣員開會，發布政府因應對策，先穩定民心。而開戰後八小時內，陳水扁也選在股市開盤前一個小時，首度開放媒體進總統府採訪國安高層會議，宣布國安基金「已經就位」，這番信心喊話，果然奏效，讓八日當天的盤勢以小跌收盤，沒有大量失血。
九一一事件，讓全球陷入前所未有的恐懼，也給各國領導人一個全新的挑戰空間。總統府最近常常觀察大選期間民調從未超過五成的美國總統小布希，在九一一之後，支持度從未跌到九成之下，這中間的落差，反映出執政者化危機為轉機的能耐與團隊應變能力，白宮的戰雲密布，台灣總統府的模擬考題不斷，美國九一一事件，也給阿扁與他的團隊扎實地上了一課震撼教育。
