「天啊！能不能不要再有選舉了！」提到校內因為校長選舉而引起的爭端，一名中興大學的蔡姓教授忍不住說，「有多少候選人，就會產生多少派系，一般教授就算不是各陣營的核心助選員，也會因為支持人選不同而產生相處上的隔閡，選舉對校園和諧的殺傷力實在太大了！」
中興大學歷屆的校長選舉都是爭議百出。六年前，興大第一次遴選校長，當時共有九個人出來競逐，獲得最高票的水保系教授江永哲票數有二百多票，比第二高票的法商學院代表黃東熊多出了一百多票，但最後教育部卻圈選了黃東熊，當時在校內曾引起不小風波，多名教授質疑遴選過程有政治因素介入，當時的教育部次長黃鎮台還兩度親下台中與教師們溝通，引起全國各界的關注。
興大校長選舉爭議不小
據了解，江永哲的女兒正是最近甫得到十大傑出女青年獎的台大外文系教授江文瑜，由於江文瑜及其同在台大任教的夫婿都是台灣教授協會的成員，對於黨外政治運動及社會運動參與頗深，使得教育部相關官員對於江永哲的「政治立場」多所疑慮，在官員的強力運作下，當時的遴選委員會棄江而就黃，除了因為黃東熊本身豐厚的黨政關係外，也頗有「自己的女兒都管不好，怎麼治理一個學校」的意味。
已經退休的興大法律系教授黃東熊是國民黨的老黨員，與高層關係甚佳，這次總統大選宋楚瑜在處理興票案時，即是委託他來終止與國民黨間的財務委託關係。雖然黃東熊向外界表示，他和宋楚瑜並無淵源，之所以接受這項委託工作，主要是因為前省政府法規會主委邱聰智找他幫忙，不過，親民黨成立後，他仍繼續擔任該黨的法律顧問，據傳不少親民黨的法案都出自他手。
在擔任中興大學校長期間，部分教授對黃東熊的治校風格頗有微詞，認為其魄力不足。在第二次遴選校長的前一年，包括陳明造在內的十多位教授即積極在校外物色適合人選，最後相中香港科技大學的副校長孔憲鐸。
孔憲鐸是中興大學園藝系的校友，在生物科技界小有名氣，雖非校內教授，在興大第二次的校內校長票選中，仍以第一高票獲得二百名教授的支持，尋求連任的黃東熊為第二高票，票數在兩百票左右，第三高票的李成章僅有一百三十餘票。因孔憲鐸具有美國國籍，在最後的遴選階段被教育部打了回票，但教育部最後選擇了李成章，也令該校教授議論紛紛，有人認為可能是因為黃東熊已快退休之故，但也有人懷疑是因黃東熊「較有主見」，所以才未獲選。
曾志朗落敗 媒體投書二千言
因校長選舉所引發的種種校園人事問題，並非中興大學的專利。自民國八十三年實施新大學法，國立大學校長開放遴選以來，不少大學都發生過校長選舉的糾紛，就連現任部長曾志朗也不例外。
六年前，曾志朗還在中正大學擔任社會科學院院長時，曾經因為政大教授們的推薦，與該校現任校長、時為政大商學院院長的鄭丁旺共同角逐校長一職。由於大與中興大學一樣採用一人一票的直選制，當年的選情相當激烈，校內亦是流言黑函滿天飛。事後，落敗的曾志朗還投書媒體，以近兩千字的長文，指責其他候選人在選舉過程中動用行政資源進行綁樁、違反校園民主精神等情事。
除了選舉過程惡質化造成派系林立，部分校園也傳出現任校長像國代一樣，利用職權之便，變相「延長任期」的做法。
多名政大教授指出，原本政大的校長遴選辦法規定，不管現任校長是否尋求連任，都必須透過全校普選的方式來產生送教育部圈選的代表，但鄭丁旺在當選校長之後，即在校務會議中推動修法，將法條改成現任校長連任只須通過校務會議分之一以上的人數通過即可，使得他在連任時順利許多。因為校長一職與校園發展關係重大，許多改革派的教授覺得這樣的連任方式實在不妥，前兩年又連手把遴選辦法修改為原來的規定。
鄭丁旺、陳維昭修改遴選辦法
被喻為台灣學術界龍頭老大的台灣大學也有類似的狀況。台灣大學的組織規程原本規定校長只能連選連任一次，但現任校長陳維昭在第一次當選後，就主導修法，透過支持他的教授，在校務會議中，把「得續任一次」改成「得續任二次」，連任與否，只須校務會議表決通過即可。
去年十二月底因採購弊案遭監察院彈劾、今年八月提前退休的前空大校長陳義揚，兩年來亦因尋求連任問題在校內引起軒然大波。陳義揚原本是官派校長，三年前任期屆滿，該校本該進行校長遴選，但因該校的組織規程遲遲無法定出，陳義揚繼續代理校長一年多，直到民國八十七年初該校才開始進行遴選工作。
據了解，該校內部的校長遴選分候選人資格審查、校務會議代表票決及遴選委員會表決等三階段進行，在三個階段中，陳義揚都只差一票就無法過關，全靠行政體系的人馬護航，才勉強擠進該校交教育部圈選名單的最後一名。
當時，教育部的遴選委員會由時任中研院副院長的楊國樞擔任召集人，經費彈劾委員會暨法規委員會主任委員的社會科學系教授那思陸，在到遴選委員會列席說明時，曾舉出多項陳義揚涉嫌採購舞弊的相關證據，並指出陳義揚身兼新黨不分區國代，已嚴重違反該校組織章程中「行政主管不得兼任黨政職務」的規定，該校的教師會亦兩次發函給教育部，央請教育部不要圈選陳義揚，但最後教育部還是選擇陳義揚，讓該校的教師們頗不服氣。
去年十二月底，陳義揚遭監察院糾舉而向教育部申請提前退休，將近半年多的時間裡，空大校內的行政、校務委員會、教評會等各種大小會議，陳義揚幾乎全未出席，卻在校內會議室中加裝閉路電視監視器，校園氣氛再度劍拔弩張，直到今年八月陳義揚離職後風波才漸漸平息。
陳義揚遭監院糾舉 暨大避免教授對立
各校校長內部遴選過程造成教員互相對立，教育部最後圈選的人選經常不是各校推出的最高票人選，也讓許多教授感到不滿，深究其因，除了如某位教授所說的「權力的滋味連學者都擋不住」外，主要的關鍵還是制度問題。
是否應取一人一票的直選制來進行校長遴選，正反兩方說法莫衷一是，各校的作風也各有差異。以暨南大學為例，該校在創校之初，校內的教授們即達成共識，為避免校園太過政治化，絕不採用教授直選制，而是仿照美國的制度，由校內教授普選出校長遴選委員，再由校內的遴選委員共同決定、邀請校外具學術聲望及各界公正人士共同來擔任校長的遴選工作，被推薦參加校長遴選的候選人須獲校內外一定教授人數的連署支持，而且也須在校內的公聽會中，與全校師生面對面溝通治校理念，最後才由遴選會選出二至三人選送交教育部。暨南大學學務長高大威表示，這種方式可避免教授直接對立，過去兩次暨大的校長遴選過程都相當平和，足見當初大家的決定是正確的。
大學改革促進會理事長、政大法律系教授陳惠馨則認為，雖然直選制可能造成派系對立的問題，但這並不表示這種制度不可取，種種惡質的選風可說是校園民主化的陣痛現象，但教授們也可以從中學習民主的精神和運作方式，而教育部也該將校長的遴選權交還給各大學，不要過度干預，在現行大學法尚未修法之前，則應將圈選校長的評選標準明白列出，並公開說明各校校長最後人選勝出的原因，以免造成各校的反彈。
