台灣的總統大選，並沒有隨著三月投票結果揭曉而畫下句點，後續的政治效應反而暗潮洶湧、持續發酵，不但當選的陳水扁總統及其所籌組的新政府不得輕鬆，連一向有極高學術地位及社會尊寵的中央研究院院長李遠哲也光環散盡，在野黨批評他腳踏兩條船、不務正業的聲音紛至沓來，負面的挑戰甚至直指他的根基——中研院的學術水準。
中研院的學術水準究竟如何？其實可以有很多種評價，就像統計數字一樣，它本身不會說話，但有心人拿在手裡卻可各說各話，國內不論行政、立法部門或民間機構，都不乏其例。倒是從這些年來因為李遠哲而回國服務的傑出院士及學者愈來愈多，在本土從事研究工作者也開始獲得國際學術界的肯定，中研院這些年的成長，似乎不像某些政治人物評價的那麼差。
民國八十一年十二月十七日，李遠哲以「努力提升中研院研究水準至世界級」為接任中研院院長記者會的答詢主軸。他指出，十年前中研院雖然有很大進步，但整體來說，國內的文化、科學水準還落後西方國家一大截。
中研院得迎頭趕上世界水準 化學動態學最出色
李遠哲當時就認為，要迎頭趕上世界的水準，中研院必須同時注重研究所與院士會議兩部分，研究所部分在前院長吳大猷致力發展學術研究基礎下，已有很大的進展；院士對國家科學政策及學術發展的參與程度則還有改善的幅度。但當時最大的問題是，大部分的院士都居住在海外，許多傑出的科學家也不願回國服務。
今年二月間，李遠哲在接受《今周刊》專訪時曾說，他回台灣來最大的抱負，就是希望能把台灣變成一個美好的地方，更盼望的是，希望能把台灣變成世界上最美好的地方。他回來前也許下三個願望，一是在台灣做一流的科學研究，至少在他的領域上應該如此；二是把中研院的學術地位提升到很高的境界；第三就是為台灣的改造奉獻心力。
對於第一個願望，回台六年後的李遠哲很肯定地說：「我們的化學動態學確實是世界上最出色的。」「從中研院原分所研究室出去的學者及學生，到世界各地都絕不會丟臉」，而且「一定都會非常受人讚賞」。
至於第二個願望「提升中研院的整體學術地位」，李遠哲很清楚這不是他一個人可以做到，而是需要一群傑出的學者與院內同仁們的共同努力，因此他致力延攬很多資深且傑出的學者回國，例如三位前後任副院長張光直、楊祥發、陳長謙，以及原分所林聖賢院士、分生所沈哲鯤、經濟所胡勝正、數學所劉太平院士及新科院士王惠鈞等人……。
在李遠哲積極鼓勵、延攬海外院士回國服務下，連同這次新科院士，目前中研院二百一十五名院士中，已有超過七十名是長期在國內從事研究及服務的。中研院這些年的學術研究，也因為這些世界知名學者的投入，而有許多突破性的發展，這些成果包括中央研究院的原子與分子研究所在化學動態學的研究領域已達到世界最高的水準；分生所用老鼠基因剔除、基因轉殖法來研究脊髓、肌肉萎縮的疾病有重大突破。
中研院院士背書 丁肇中也很肯定
另外，中研院的天文學領域也已有了世界級的研究成果，今年剛獲選為第二十三屆院士的中研院地球科學研究所研究員、天文及天文物理研究所合聘的研究員李太楓，因為證明在四十六億年前早期太陽系中有氧、鎂、鈣、鑭等同位素異常，及探討了他們與銀河系中原子核形成的關係，在去年榮獲美國人文及科學院海外榮譽院士，他是第一個長期在本土從事研究獲此殊榮的台灣學者。其他的學術成就還包括：利用同位素方法研究亞洲大陸的演化歷史和過去的氣候變化，建立放射性同位素地球化學實驗室等。
不只如此，為了再提升中央研究院學術水準，李遠哲在院士會議前與部分回國院士座談時也表示，中研院也將推動「主題研究計畫」，除了現階段執行的三十六個計畫外，九十年將繼續推動「蛋白質摺疊與開展」、「台灣地區氣膠及其對環境之影響」、「新奇酵素之結構、功能及設計」、「選殖、探討新基因群在周控精細胞生成過程的角色」等十二項整合院內各學門資源的主題研究計畫。為了中研院的長遠發展，李遠哲也宣布繼續改善評鑑制度，並使組織更具彈性，依研究發展趨勢重組的重大挑戰。 李遠哲帶領的中研院五、六年來的學術水準，也獲得世界一流期刊的重視與肯定，美國科學雜誌（ science magazine ）日前就特地來中研院採訪，針對李遠哲個人及整體中研院的發展進行了相當深入而正面的報導，在最近幾期的雜誌刊載。回國參加院士會議的院士們，也紛紛為李遠哲的表現背書。
諾貝爾物理獎得主丁肇中就說，他完全不贊同「中研院的學術水準不如美國二流「大學」的說法，政治人物說這種沒有檢附證據的話也不應該。事實上，在李遠哲的帶領下，中研院的學術研究已達世界第一流水準。
丁肇中舉自己實驗室目前所用的電子儀器為例，指這些儀器多數都由台灣製作，速度比美國航太儀器還快十倍。而他所接觸的台灣科學家也非常優秀，他甚至相信此間假以時日，會再有新的諾貝爾獎得主產生。
一九七六年當選第十一屆院士的丁肇中，也比較國內二十五年來的學術環境，認為中研院現在好的人才愈來愈多，研究領域也愈來愈廣，研究環境的改善差別真的很大。
兩岸特使引發不同意見 學術獨立不受政治干擾
中研院中國文哲所研究員李豐楙對近來台灣仍籠罩在選舉後的政治氣氛中，以及政治人物將政治無限伸展於各種場合的種種現象感到憂慮。其中最讓人不安的，就是大學校長、教授一旦進入政治大染缸，不僅本身不能廓清其風，反而學習一些粗糙的政治語言，產生不良示範。
為了替李遠哲打氣，中研院院士會議中，更有生物組院士擬提案肯定李遠哲在學術方面的貢獻，不過因為提案過於敏感，因此在生物組分組中熱烈討論後，決定擱置，也沒有正式提到院士全體會議中討論。
儘管院士們對李遠哲的學術地位至為肯定，但他以中央研究院院長身分擔任跨黨派小組召集人，並表示願意擔任兩岸特使，卻引發院士們的不同意見。前柏克萊加州大學校長田長霖認為李遠哲選前就接受陳水扁的邀約，擔任國政顧問團召人，這樣的身分大陸方面可能不能接受。不過長期在美從事研究的半導體大師朱經武則以「政治沒有永遠的敵人」以及「李遠哲適不適合只有江澤民知道」，對李遠哲擔任跨黨派小組召集人一事做出較客觀的詮釋。
面對外界「學術不中立」的質疑與批評，李遠哲除強調學術沒有中不中立的問題，倒是學術應獨立，不受政治干擾。他也重申他未來還是會說掃除黑金，而哪位候選人做得到，他還是會加以支持。他並對外界「李遠哲應好好做中研院長，好好做研究」的批評加以駁斥，七月四日更發表「致社會各界的公開信」，闡明自己從事科學研究工作，但從來不曾忘記關懷社會、希望能為社會多盡一份心力的心路歷程。
「我可以接受批評 做的事都是人家不做的」
李遠哲強調，自己是一個能夠接受批評的人，可是常有很多人誤解他參與中研院外的政治工作，是「不務正業」，但這些事都是人家不做的，而且對他來說，頂多只能算是他的課外活動。「很多人用有色的眼鏡看我，卻有很多人要我出來登高一呼。」他強調若是社會真的不需要他，他也可以逃得很快，而如果陳水扁總統能找到更理想的人（指擔任跨黨派小組召集人），他當然樂於立即放下重擔。「我從來沒有想到，得諾貝爾獎這件事情會那麼深遠地影響一個人的生命。」「就一個科學家來說，被人從實驗室中帶走那麼多時間，是一件很痛苦的事。但是，這同時卻也相對地給你責任和機會，讓你敢去做以前不敢做的、沒有機會做的事。」
一九九一年七月一日，李遠哲正式接受當時李登輝總統府國策顧問聘書不久，他在受訪時說出這段心路歷程，距離他一九八六年獲得諾貝爾獎正好滿五年，前一年他才剛受聘為國統會委員。
當時的李遠哲就清楚知道，獲得諾貝爾獎已然徹底改變他單純學術研究者的角色，而他幼年起即深植內心的改造社會的芽，隱然待他自己即將扮演的新角色，竄拔成巍然蓬勃的大樹。
九年後的今天，李遠哲婉拒陳水扁總統首席總統府資政的聘書，卻兌現他「選前」的承諾，一肩扛起跨黨派小組召集人的重任，希望為兩岸關係及島內跨黨派之間建構起溝通與共識的橋梁。
理想性格濃厚 為台灣的改造奉獻心力
然而理想性格濃厚的李遠哲認為，台灣要跨越諸多發展上的斷層，必須同時具備一個有高度改革魄力的新政府以及強大的社會力，因此他在選前發揮臨門一腳的功夫，扶助陳水扁及民進黨跨越執政的斷層，榮登總統寶座，但在強大社會力未形成前，自己卻因此捲入政治黨派的鬥爭洪流，凝聚跨黨派共識的重大阻力此刻即已蟄伏醞釀，也為他從小立定投入社會改革之路的志向，出現最大的考驗。一九三六年出生的李遠哲常說，大時代的戰爭及動亂，使他比一般人更為早熟，他從小就開始思考社會與人生的大課題，他也始終相信，社會是可以改造的。小學五年級的時候，看到社會上不好的事，李遠哲常會想，如果有機會讓他來做，他一定可以做得比大人更好。因為這樣的信念，李遠哲幾十年來在從事學術研究之餘，還不遺餘力地奔走台海兩岸、世界各地，盡作為世界公民一分子的責任。
「我回國的第三個願望是為台灣的改造奉獻心力。」而這個改造「是全面性的」。褪去學術的光環，李遠哲無悔地走入社會，為實踐他的第三個願望，無怨無悔地投入。
李遠哲明知「譽滿天下，謗亦隨之」的道理，仍不忌台灣認同及意識形態之諱，營造政黨輪替的奇蹟，卻為自己的生命帶來前所未有的衝擊。從他對外界負面意見日漸激越的回應，可以看出他的急切與焦慮。但是，台灣的人心，還有多少人聽得進他的苦心孤詣，捐棄成見，攜手共創一個更強大的社會力，讓台灣真正能夠「跨越斷層」，真正在二十一世紀即將來臨時，營造出邁向一個現代化國家及社會的可能，恐怕沒有人知道最後的答案！
