法務部與調查局之間「兩個公婆」的體制問題長期存在，而法務部長陳定南與調查局的心結也是由來已久。翻開過去陳定南與調查局互動的歷史，宜蘭縣長任內，陳定南就痛批調查局「吃案」；立委任內，他力主「裁撤」調查局，並建議將調查局併入刑事警察局；如今他上任不到兩星期，就爆發與調查局的嚴重衝突，個性直爽的陳定南，毫不保留對調查局的不滿，雙方互不相讓，結果當然是兩敗俱傷。
陳定南：你們調查局是這樣辦案的
民國七十七年一月，陳定南在行政院政風督導考核小組到宜蘭考核的會議上，就當著時任法務部長的呂有文及調查局副局長陳宏烈，公開痛批宜蘭調查站把縣府移送調查站偵辦的案子，對外宣稱是調查站主動調查，並指責其中大多數案子都不了了之。陳定南不但在公開場合對調查局發飆，還製作一份「調查局是這樣辦案的！」專冊，結果導致不少調查員都受到處分。
陳定南擔任宜蘭縣長八年任內，宜蘭調查站先後歷經王慶祥、官文詩、林介山、董德馨、柯尊仁等幾位主任，在陳定南發飆後，當時的站主任董德馨不久後就被換掉，甚至連前一任的林介山也遭波及。因此在陳定南上任後，不少人形容現任台北市調處處長的林介山「如坐針氈」，不過林介山倒是說，他在擔任宜蘭調查站主任期間與陳定南「相處融洽」，而且還曾經到陳定南的家中吃過飯，怎麼可能會有心結？
董德馨下台後，宜蘭調查站主任由現任調查局經濟犯罪防制中心主任柯尊仁接手，不久就在當時的宜蘭地檢署檢察官羅建勳的指揮下，著手偵辦縣政府庶務股長涉嫌浮報採購款一案。一位調查員回憶，當時調查員黃百成等人具函向縣政府調閱相關資料，但是縣府拒絕接受調查，不久陳定南就在媒體上自行公布調查報告，不過，這起事件後來經檢察官起訴，部分官員在一審被判刑，但是到了二審獲判無罪。
後來陳定南任期屆滿準備參選立委，但是在游錫堃擔任縣長任內，宜蘭縣調查站主任，也是目前的台北市調查處副處長孫台生任職期間，調查站在檢察官張進豐的指揮下，著手偵辦宜蘭興中國中校長、會計主任等侵吞省府專款補助加發調整待遇準備金近四千萬元一案。這起堪稱陳定南八年任內最嚴重的集體貪瀆案，後來有三十七名官員遭到監察院彈劾，會計主任遭判刑十五年。
力主裁撤調查局讓犯罪偵查系統一元化
由於這起弊案發生的期間長達八年，而這筆由省府核撥的五億元預算，授權機關首長審核專款專用的教師調整待遇準備金，雖然沒有直接波及陳定南，但是陳定南在任內始終沒有發現弊端，無異凸顯了縣長的管理缺失，後來在陳定南離開縣政府轉戰立法院及參選省長時，都成為對手攻擊的「把柄」，對一向自詡的「宜蘭經驗」，可以說是重重地一擊。
調查局對陳定南上任後的第一次反彈，源自調查局的「裁撤說」。其實，八十六年八月，當全國籠罩在白曉燕命案陰影下，當時的法務部長廖正豪特別舉辦了一場社會治安會議，會中擔任民進黨黨團幹事長的陳定南，就力主裁撤調查局，並建議將二千五百名調查員劃歸刑事警察局，使犯罪偵查系統一元化。
不過，追根究柢，當時陳定南力主裁廢調查局的理由，還是因為對調查局的「表現」很不滿意。在白曉燕命案發生期間，朝野各界一致要求警政署長姚高橋下台時，陳定南則痛批調查局在「三大刑案」發生時袖手旁觀。當時他猛批調查局只會在掃黑時與警政署爭功，但在危害社會治安甚巨的三大刑案發生時，卻不見調查局有任何具體行動。因此，他認為調查局的存在本身就是一種錯誤，力主調查局應該裁撤併入刑事警察局，才能讓打擊犯罪恢復一條鞭系統，以免雙頭馬車現象讓不法之徒坐收漁翁之利。
從縣長、選省長到立委任內，陳定南與調查局的關係一直「不佳」。從陳定南與調查局交手的幾次經驗來看，他對於調查局所扮演的「特務」形象，似乎從來沒有改變過，因此，接任法務部長之前就主張銷毀 AB 檔案。
調查局專拿民進黨執政縣市開刀？
陳定南對調查局的印象從來沒有好過，調查局有兩個公婆，一個是國安局，一個是法務部，雙頭馬車問題從呂有文、馬英九、廖正豪、城仲模到葉金鳳都一直存在，即使連擔任過調查局長再到法務部長的廖正豪，最後都因為與調查局的「內鬥」，而斷送了自己的政治前途，更何況是長期與調查局互有心結的陳定南。
而這一次陳定南衝撞調查局，可說是孤軍奮鬥，除了長期與調查局合作但是又有諸多怨言的許多檢察官，支持陳定南改革調查局體制的構想之外，調查局內部現難得的同仇敵愾，一致將砲口對準陳定南。因此，陳定南才會氣憤地說，調查局「放話」，要他說話、做事小心一點，甚至一副不惜揭發陳定南所有瘡疤的態勢。
尤其在新政府成立後，陳定南與調查局心結檯面化之前，台南地檢署檢察官陳鋕銘、王榮森，指揮台南調查站與南部機動組，著手偵辦台南市政府都發局所規畫的台南運河整治弊案，並收押出身文化大學景觀系系主任，深得市長張燦鍙信任的都發局長董美貞。由於時間上的敏感，不少人質疑是否因為檢調單位選擇民進黨執政縣市「開刀」，間接引爆陳定南批判調查局「選擇性辦案」。
除了台南運河弊案外，在今年三月總統大選前，桃園調查站也約談扮演副總統呂秀蓮與企業界「中間人」的前桃園縣工策會總幹事盧孝治，追查工策會接受企業界捐贈款項，不久立法委員林瑞圖就公開舉發呂秀蓮的國家展望文教基金會捐款去向不明，並質疑盧孝治是呂秀蓮的「白手套」。民進黨執政縣市接二連三被調查局鎖定，這也難怪部分人士質疑調查局長王光宇「刻意」拿民進黨開刀。
冰凍三尺，非一日之寒。調查局內部以外省籍居多，在政黨傾向上，前有新黨，現有親民黨，中央政府變天，對這些屬「非主流」系統的調查員來說，陳定南一上任當然所有新仇舊恨湧上心頭，雙方硬碰硬兩敗俱傷，越是這樣，陳定南越是指揮不了調查局，但調查局長期以來勇於「內鬥」的單位文化，也有必要來一次大開刀，否則再這樣下去，調查局恐怕會變成「太上局」。
