軍情系統高層人事布局，隨國防部長唐飛出任行政院長，參謀總長湯曜明轉任國防部長，總政戰部主任曹文生提前報退，海軍總司令李傑內升為參謀總長，將使軍系職位調動進入全面搬風階段。
對於唐飛主動對外推薦湯曜明入閣接任國防部長，軍系內部頗有議論。因為湯曜明曾二度對外發布新聞稿稱「無意接掌國防部」，詎料在墨跡未乾之際，唐飛卻推薦他入閣，顯示湯曜明入主國防部，頗有內情。
唐飛重用湯曜明有其政治考量
再者唐飛在國防部長時代，曾一再對外表示，有關國防部長人選最好由文人擔任，以此建立「文人領軍」的制度。言猶在耳，他仍然薦舉湯曜明轉任國防部長，顯然唐飛重用湯曜明，有難以言喻的政治考量。
事實上，總統當選人陳水扁在宣布唐飛為閣揆人選前，透過前國防部常務次長葛敦華的關係，拜會前參謀總長劉和謙，陳、劉二人短暫唔談時，曾論及國防部長人選，一是駐日代表莊銘耀，一是駐荷蘭代表顧崇廉。由於莊、顧二人均出身海軍總司令，而且都是劉和謙的長年部屬，對他們二人的處事能力知之甚詳。依據劉和謙的態度，他所中意的人選，應是駐日代表莊銘耀。不過為示尊重陳水扁，劉和謙對國防部長人選，並未多做表示。
當天下午陳水扁對外宣布唐飛為其閣揆人選後，隔天唐飛即推薦湯曜明入閣出任國防部長。唐飛推薦湯曜明入閣，以他謹守分際的個性，絕不可能事先未與陳水扁協商軍系人事。因此陳水扁一度放出莊銘耀與顧崇廉二人都是國防部長人選訊息時，究竟是什麼因素促成陳改變立場呢？
其中原因在於莊銘耀與顧崇廉二人均已年高七十二與六十九，莊銘耀離開軍系時間已長達六年，顧崇廉亦有三年。與軍系事務長期脫節的結果，莊、顧若回任國防部長，適任性就有問題。何況他們二個人的資歷都較唐飛深，唐飛一向主張國防部長應由年輕一輩的後起之秀來擔任。故而基於年齡與業務接續的考量，莊、顧的出局是意料中事。
國防二法導致軍政軍令齟齬不斷
至於唐飛為何推薦湯曜明入主國防部？因為唐所推動的國防二法，阻力來自參謀本部的抵制及陸軍系統的反彈。為此唐、湯二人相處得並不愉快，唐飛甚至數度萌生辭意，打算在總統選後，執意遷出國防部，即與此有關。
其實唐、湯之爭，並非出於「意氣」，而是對國防二法的執行理念，認知上有差距。唐飛為使軍政、軍令系統一元化，將軍權收於國防部，對參謀本部及各軍種進行適度削權。理論上，唐飛的做法符合民主國家的國防體制。然而唐飛在研修國防二法過程中，太過注重管理層次的問題，以致忽略現實體制運作的可行性，終於導致軍政、軍令系統之間的齟齬不斷。
就參謀本部的角度分析，民主國家的國防體制，國防部處理的政策八○％以上均屬戰略事務，二○％以下才是軍事政策。台灣則不然，國防事務超過八五％以上係屬軍事政策，真正屬於戰略事務的僅有一○％。所以參謀本部認為，若不改軍政、軍令系統的比重問題，國防部統編軍令權責的結果，在實際運作上，必然會發生問題。
為說服唐飛，湯曜明多次指示聯參單位具文反駁國防部，但是唐飛仍不為所動，堅持理念推動改制。唐飛的堅持，湯曜明的反應，觸發軍政、軍令系統的爭執而參謀本部為表達反應立場，不惜透過李登輝，準備對國防二法進行翻案。唐飛見勢不可為，在立法院透過立委修法的策略，於總統大選前，通過國防二法的立法程序，並明定兩年內國防部、參謀本部所屬機構，必須完成組織機構的調整。為此事參謀本部非常不以為然，對唐飛進行重責，令唐飛心灰意冷，自行對外宣示不再續任部長。唐飛多次對外宣示，在選後受到陳水扁的注意，而他也親口向陳水扁表述「軍中改革難為」之意，讓陳水扁對他的改革毅力印象深刻，終而促成找唐飛合作的決心。
湯曜明入主國防部「三全其美」
扁、唐合作，開啟改革軍系之門。首先就國防部長人選而言，唐飛不惜違反承諾，推薦軍人出身的湯曜明入主國防部，其著眼於「政治考量」的意圖非常明顯。
所謂「政治考量」意圖係指，湯曜明是台中霧峰人，屬台籍，若入主國防部成為首位台籍的國防部長，深具「政治意義」。其次，湯曜明出身陸軍，為前國防部長蔣仲苓的愛將，又曾擔任謝東閔侍從官，個人與李登輝亦有公誼私交，入主國防部，表示「李登輝建軍路線」還是主流思想，自可化解來自高層的議論。再者，湯曜明對國防二法有意見，由他來負責推動國防二法，一來可反制來自陸軍系統的反彈，二來可弭平參謀本部的非議，三來他的「意見」未來仍要透過行政院審核及立法院審查程序，其理念能否貫徹，湯曜明需負全責。
當然湯曜明出任國防部長還有更深層的政治意義，在於唐飛雖完成軍政、軍令一元化的工作，但於「二年調整期」的限制下，唐飛仍是「位高權輕」的部長。然而湯曜明卻因國防改制已進入調整階段，未來必是「位高權重」的首任台籍部長，這對陳水扁與湯曜明而言，深具政治意義。加上湯曜明是位秉性寬厚、作風嚴厲的將領，由他來完成國防二法的推動，將有助於文人領軍制度的建立，這是湯曜明「留名青史」的契機，他應該會把握時機，為個人與軍系開創機運。
陳水扁在唐飛的建議下，選任湯曜明出任國防部長，對收編軍權至有助益，相對於唐飛的入閣，有關參謀總長的人選，唐、湯一致肯定由海軍總司令李傑調升。李傑是劉和謙頗為稱許的部屬，在海軍總司令任內，李傑對建軍、訓練及軍心的維持，花了不少心思。尤其在指管通情系統的建立上，數度要求參謀本部撥款改善海軍使用的「大成系統」；加上海軍對美國進行的各項軍購業務，李傑均注重成本效益的分析，如今美國出售四艘「神盾級」戰艦給台灣已成定局，所以由李傑內升為參謀總長，自然水到渠成。
劉和謙對海軍人事仍有影響力
李傑內升為參謀總長，海軍總司令人選可望由副參謀總長苗永慶調任，而副參謀總長將由海軍副總司令常志驊接任。苗永慶是劉和謙擔任海軍總司令時代的通電處長，而常志驊則是劉和謙出任總長時的總務局長，顯示海軍這一波人事異動，如苗永慶、常志驊、高揚、金豐鄉等人分獲重用，如同「劉氏人馬」班師回朝；加上陳水扁應允劉和謙於總統府內增設「顧問辦公室」，表示海軍人事的調整，劉和謙仍有一定程度的影響力。
在處理部長、總長、海軍總司令的職位調整後，由於總政戰部主任曹文生決意與李登輝同進退，因此婉拒出任退輔會主委，在主任職位出缺狀況下，湯曜明屬意由聯督部主任謝建東升任總政戰部主任。
謝建東出身陸官三十六期，資歷不如他的兩位同學陸軍副總司令霍守業、宋川強。謝建東以資淺升任總政戰部主任，無疑說明政戰體制已面臨轉型的瓶頸。此因以往政戰主任的人選，通常由總統親選，如過去的楊亭雲、杜金榮與曹文生都與當局有密切的關係，藉以顯示總政戰部主任地位的專業。然而謝建東與陳水扁並不熟識，甚至是毫無往來，而謝建東與湯曜明的關係也不密切，只有在聯督部主任期間，經常陪侍湯曜明赴部隊視察業務，所以湯曜明選任謝建東為總政戰部任，的確是出乎軍系預料之外。
嚴格說來，謝建東應是李楨林賞識的對象；在李楨林的拔擢下，謝建東歷任金防部參三處長、師長、作戰署長、步訓部指揮官、陸院院長、十軍團司令、聯督部主任。從他的資歷分析，謝建東長期在作戰單位歷練，毫無「政治」資歷，故而入主總政戰部應是一位「弱勢」主任。不過，謝建東是個聰明人，從他送給長官盆栽，他都會親自打理的作風觀察，的確是位十分細心的將領，與廣東人革命作風相比，謝建東完全不像一位廣東籍將領。
解決了棘手的軍權問題後，陳水扁對其他情治系統的人事安排，顯然是採取「一動不如一靜」的策略來穩定情治的人事布局。依據民主先進國家的標準，新舊政府的交替，國安局長( CIA )、調查局( FBI )、國安會秘書長(國安顧問等重要職位的首長，理應與總統共進退。然而陳水扁迫於政治現實，在欠缺情治智囊操盤下，陳水扁留用殷宗文、丁渝洲、王光宇、丁原進與其階段性任務考量有關。此因在收編軍權方面，有劉和謙、唐飛、湯曜明等人的支持，自然可如指使臂的指揮軍系。相對於在情治系統方面，陳水扁陣營中很難找到一位知悉情治運作的智囊為其操盤；在此觀察的環境下，殷、二丁、王的留用，也是無可奈何的選擇了。
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