證交稅調降風波引發總統府和行政院空前緊張關係，飽受輿論批評的行政院長蕭萬長不僅傳出在二十三日萌生辭意，更有風聲繪聲繪影的說，事實上老蕭在前一天二十二日下午面見李登輝總統時，早已經提出「口頭請辭」，但是被李登輝臭罵一頓後慰留，不過蕭萬長辭意堅定，才又在隔天準備遞出書面辭呈明志。
李蕭關係已經破局
從年前的不調降證交稅，到李登輝總統主導調降，再到被總統府批評行事不當、反應慢半拍，蕭內閣在緊要關頭祭出「辭職」戲碼，展現最後一絲風骨，不論真真假假，都已經達到讓總統府「閉嘴」、讓社會大眾轉移目標、讓輿論由批評行政院轉向撻伐總統府和立法院長王金平「鴨霸」的作用，在「高人」指點下，蕭萬長撥亂反正，反將總統府一軍，扳回一點劣勢，是著好棋；但是經過此次事件後的李蕭關係，必定陷入空前低潮，既是好棋也是險棋。
過年前才被李登輝總統「留校察看」的蕭萬長，在農曆春節前原本想以召開「當前經濟問題座談會」方式展現財經內閣的看家本領，沒想到座談會上所談問題「當前」的不多，「考古」問題倒是一大堆，談來談去都是些老問題、老答案，在毫無創意下，與會學者抱怨被拉去為政策不當背書，工商大老寄予厚望的調降證交稅，老蕭又以不停徵、不調降擋回，使得座談會流為「空談」。
蕭萬長搞了半天的財經座談會還是無法對積弱不振的股市有所幫助，看在李登輝總統眼裡這是「反應不夠」，因為再不拿出有效辦法，問題肯定會愈來愈大，於是總統府每天放炮修理蕭萬長，讓原本認為基於賦稅公平原則不應輕易調降證交稅的行政院心頭頗不是滋味，也很不服氣。
總統府猛放炮 行政院不是滋味也不服氣
據了解，當時行政院要求財政部比較各國證交稅率後發現，其實我國證交稅率已經明顯偏低。以日本為例，不僅課徵千分之一．二至千分之三的證交稅，同時還有高達二六％的證所稅；南韓則是針對出售未上市證券之增益採取分離課稅，稅率二○％，上市股票收益免徵證所稅，但有價證券一律課徵千分之五的證交稅；至於歐美各國，所課徵的證交稅也比台灣高出許多，
要挽救股市不一定非降稅不可。
此外，讓行政院不願意調降證交稅的另一個原因，則是元旦所提出的一千五百億元低利房貸，不但沒有對房市有所助益，還被輿論批評是為建商解套的圖利政策，讓蕭萬長百口莫辯，過了一個很不愉快的元旦假期。想到一千五百億元低利房貸的慘痛經驗，更讓行政院堅定不調降證交稅，免得再一次被修理，而且蕭內閣也堅信不調降證交稅一定可以獲得社會大眾和輿論的支持。
萬萬沒想到，那樣做被罵，這樣做也被罵。李登輝在除夕和大年初四的談話，讓行政院深感委屈，而最後李登輝主導調降後，行政院在總統府壓力下不得已轉換口徑改稱願意機動降稅，行政院內部認為輿論要罵的應該是總統府和立法院，因為整個事件演變至今，很清楚的顯示一個事實，那就是行政院站得正、行得穩，並沒有在號子立委和工商大老的壓力下，做出違反賦稅公平和助長短線炒作的不當政策，為什麼還是被批評？尤其總統府天天放炮，不僅使得府院關係趨於緊張，更讓行政院面子掛不住，新春上班後的行政院陷入一片低氣壓，士氣跌落到極點。
在一片低氣壓中，當然會有人萌生辭意，不過卻不一定是蕭萬長。因為以蕭萬長的個性，絕對不敢和李登輝硬幹，況且在李登輝心中，蕭萬長過去和宋楚瑜「過從甚密」那一段，在宋楚瑜即將回國敏感時刻，老蕭的政治行情能走多久，還要看李登輝安排。因此說蕭萬長會因為證交稅而辭職下台，可能太高估蕭萬長，而且如果老蕭真的辭職，也不一定能夠引起其他閣員的「共鳴」，到頭來弄假成真，只有他一個人黯然離開行政院，豈不是尷尬到了極點？
蕭萬長到底有沒有風骨？
而且，在二十三日傳出蕭萬長萌生辭意後，總統府完全沒有任何回應，李登輝身邊人士肯定的表示，完全不知道蕭萬長辭呈這件事，而既然沒有辭職，那又何來慰留呢？至於行政院這邊，能夠代表蕭萬長發言的少數一、二位官員，當晚也封口不談，府院二邊同時封口，更讓人深覺是有「高人」在指點蕭萬長，以退為進展現最後的風骨。
最重要的是，在放出蕭萬長萌生辭意風聲後，總統府也不再放炮修理行政院，因為李登輝的指令已經完全下達，行政院也同意由立法院修改證交稅條例，不過是有原則的接受機動「調整」，同時不一定調降，也有可能調漲，而且還要由產官學組成審議小組。
蕭萬長自從接替連戰組閣以來，施政評價幾乎是每下愈況，不但行動內閣淪為口號，連原本大家最看好的財經政策都荒腔走板，蕭萬長在社會上的評價愈來愈差，就連以前在他擔任經濟部長和經建會主委任內的記者，也對老蕭的組閣成績打上紅字，種種不利因素，讓蕭萬長幾乎不知所措的頭痛醫頭、腳痛醫腳。
尤其這次的證交稅風波，行政院一路挨打，對蕭萬長來說，組閣這段日子沒有一天好過，新年假期因為一千五百億元低利房貸而被轟得滿頭包，春節假期又因為證交稅而被罵得一文不值，不僅蕭萬長幕僚不服氣，就連視老蕭如己出的岳母都捨不得。
雖然蕭萬長在最後關頭若有似無的演出辭職戲碼，扳回社會大眾的評價，不過事實上也冒著激怒李登輝的極大風險。因為從這次的降稅風波中，清楚告訴全台灣二千一百多萬人，任期即將在明年三月結束的李登輝總統不但沒有跛腳，甚至還精力旺盛的在主導各項政策，「觸角」更由以往的國防、外交和兩岸延伸到財經議題上，在他自我期許甚高的歷史責任下，號稱專業財經內閣的蕭萬長即使想當個稱職的總統幕僚長也都難上加難，更何況李登輝對他的表現已經愈來愈不滿。
