健保若一再地緊縮，醫院也會相對跟著緊縮，整體而言絕對會壓縮醫療品質。」中央健保局（現為健保署）首任總經理葉金川2002年的這段評論，在18年後的今天仍毫無違和感，畢竟全民健保開辦25年來，多數時間都面臨財務困境，也因此不斷面臨「改革」壓力。
2000年3月，健保剛滿5周歲，衛生署（現衛福部）公開承認，健保自1998年3月起支出已大於收入，且財務缺口以每月20億元規模擴大。衛生署在新聞稿中指出：「健保醫療費用成長率高出保費收入成長率甚多⋯⋯，健保局雖加強各項抑制浪費措施，但收支失衡是不爭的事實。」
「使用者付費」屢遭推翻 20年前的紅字 至今多未改善
當時台灣剛完成第一次政黨輪替，就任後立刻得接下健保財務危機燙手山芋的新政府，火速宣布由民間專家成立「全民健保體檢小組」，作為政府擬定健保政策的諮詢單位。
體檢小組經歷7個月討論，於隔年2月底發表的報告中點出多項問題，例如，「論量計酬為主的支付制度」促使醫療提供者增加服務量，使民眾就醫次數增加，建議應納入「依品質成本訂定的支付標準」。
在需求端，則因「民眾認為多看醫師、多吃藥有助身體健康」，「而部分醫師未導正觀念」，導致就醫次數增加及醫療費用快速成長。至於財務面，則有保險費基不健全的缺點。
如果2020年再替健保進行一次健檢，上述診斷結果，多數依舊會出現在檢驗報告上。
健保20年如一日的「病因」，不能全怪主管機關消極不作為，而是部分健保制度初衷、以及衛生署與健保局推出的多項改革構想，皆因政府不敢忤逆「民意」，而無法付諸實現。其中，「使用者付費」的概念，更是不斷遭到推翻。
隨收支連動的保險費率，是使用者付費的重要環節。1994年通過的《全民健康保險法》明白寫著：「保險費率，由保險人至少每2年精算1次，每次精算25年。」一旦精算費率前5年平均值與當年度保險費率相差幅度超過正負5％，或保險安全準備金不足，主管機關即可擬定調整費率，送行政院核定。
健保財務自從1998年起入不敷出，早已符合當時的調整費率條件，行政院卻一直拖到2002年9月才將保險費率由開辦時的4.25％小漲為4.55％，並同步調高就醫、和超過100元以上檢驗檢查的部分負擔。
「健保雙漲」果然引發勞工團體示威遊行，時任衛生署長李明亮也因此下台。當時民間反對的理由和今天類似：先解決地方政府欠費、醫療浪費、藥價黑洞，再來調漲健保費。
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