健保給付制度不合理，也是造成急、重、難症「醫師荒」的禍首，因為制度誘導行為，讓醫師自然而然傾向選擇「產值」較高的科別。
健保給付制度不合理，也是造成急、重、難症「醫師荒」的禍首，因為制度誘導行為，讓醫師自然而然傾向選擇「產值」較高的科別。
健保付費方式與一般人到便利商店買東西，直接付錢給店家不同，醫院提供病患各式醫療服務之後，並無法直接向病患收取費用（自費項目除外），而是須向政府（健保局）申請健保給付。不同於市場經濟，台灣健保可謂計畫式經濟，政府是唯一的買家，它可以決定一切「買」價，並且醫院不能因為價格太低，而拒絕販售或提供服務。
「救命五大科」與「五官科」給付竟相同
就與所有計畫經濟最終失敗的原因一樣，健保給付制度（定價策略）忽略個別差異與人性，是一種「齊頭式平等」的給付制度。無論是救人的「五大科」或輕薄短小的「五官科」，健保給付不論風險、難易度、複雜度、治療時間長短等的差別，均給予齊頭式的價格。
以外科為例，雙和醫院院長、外科醫師公會的理事長吳志雄舉例，同樣是做超音波，需要精細觀察的心臟超音波與普通的腹部超音波，健保給付均「一視同仁」，都是給付六百元。而白內障手術又和部分肝臟切除的給付也相同；但前者只花半小時不到，後者卻要四、五個小時以上。
又因健保給付總額是固定的，使得健保給付遠比自費項目低，例如，同樣是乳房手術，一是乳癌切除和乳房重建手術，手術至少五、六小時以上，難度較高且有風險，健保給付一萬兩千元，醫師最多只能拿到六千元。但另一個是隆乳手術，只要二十分鐘，切開腋下弄個小傷口，把填充物置入，手術輕輕鬆鬆，淨賺十多萬元，病人還絡繹不絕。年輕醫師為何棄五大科，搶醫學美容科，其實只是人性的選擇。
醫師背景出身的前立委沈富雄也舉例說明健保給付制度的不合理，動一個胰臟癌手術，大概要花上八個小時，是兩個團隊接力的大手術，但這種手術健保局只給付一萬元，耗費成本之大、風險之高，對醫院來說，根本不划算，因而導致現在除了台大與榮總外，根本沒有醫院要做胰臟癌手術。
除了外科，內科、婦產科、兒科、急診等也是耗費資源、時間、風險、成本都高的科別，健保所給的給付往往不成正比。對日益重視成本效益的醫院而言，救人的急重難症科於是變成了「賠錢貨」。
目前的健保對於像感冒一類的小病，因為給付低，所以反而給得很「阿沙力」。但是，對於危及生命的重大疾病，因為給付較高，健保在總額制度的壓力下，反而把關從嚴，層層審核之後，最後可能還是被拒絕。因此，形成「給付感冒，卻不給付重症？」的扭曲現象。
台大醫院小兒部李秉穎醫師解釋，一旦被刪除給付，成本就落在醫院、醫師身上。「現在我的桌上，正放著一件被退回兩次的核刪公文。那是一個免疫功能不全的慢性肺病兒童，健保單位不認為我可以開支氣管擴張劑與化痰藥，申覆後又被退回，我已經不知道要怎麼再寫申覆理由了。」
對於病人而言，小感冒的醫療費用其實並不是家庭經濟的重要負擔，健保反而完全補助。但是，真正容易拖垮家計的重病，反倒是常常需要自費支出一些醫療費用。
健保給付制度不合理，不論風險、難易程度，均給予齊頭式的價格。（攝影/吳東岳）
制度鼓勵多看診醫療品質「三長兩短」
健保給付制度論量計酬的「特殊設計」，讓可以衝量的門診、檢查與獲利畫上等號，也因此制約了醫院與醫師的醫療行為。沈富雄指出，健保給付制度鼓勵醫師多看診、多檢查、多給藥，為了「衝量」，導致「三長兩短」（等看診、等掛號、等批價領藥的時間長；看診時間短、醫師的話更短）低醫療品質的看診模式。
如果醫療糾紛是讓醫師「依法看診」，那麼健保給付制度就是讓醫師「依表看診」，這個表是健保給付表。一般大眾一味抨擊醫師看病時間短，卻不知道扭曲的醫療行為背後，其實正是不當健保給付制度所造成。
監察委員黃煌雄關於重症醫師荒的調查報告，也指出健保設計應為重症醫師的流失負責，「全民健保實施之後，由於資源長期錯置，支付制度扭曲，醫學生已開始轉向選擇醫療風險較低、值班較少、工時較短、生活品質較佳之科別；惟行政院卻未能深刻體認支付制度對於醫療生態及醫師人力分布之衝擊，又未能及時提供有效的資源予以匡正，導致代表台灣百年來醫學主流之內、外、婦、兒科醫師人力之發展令人堪憂，允應檢討改進。」
正如黃煌雄所說，若不從根本改善健保給付制度，五大皆空問題仍會持續惡化，最後的惡果還是得由全民承擔。
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