在侯寬仁的背後，還有不少「下指導棋」的手，其中影響侯寬仁許多作為及發言的關鍵人物有兩人，一是目前調任司法官訓練所教務組長的陳瑞仁，一是與侯寬仁同在特偵組、並身為侯寬仁組長的沈明倫。
聲明稿中 有陳瑞仁的味道
七月十九日，馬英九特別費案中證人吳麗洳偵訊筆錄與錄音譯文曝光後，侯寬仁隨即調來錄音帶，由檢察事務官製作成譯文後，隨即與陳瑞仁討論相關應變方案；向來都是主戰的陳瑞仁相信侯寬仁所說，吳麗洳在被訊問時，曾多次答「是」，律師譯文中卻漏未記載；陳瑞仁還提醒侯寬仁，要告知長官檢方再次勘驗後的結果。
侯寬仁在七月二十日發表書面聲明，為他被質疑誘導訊問提出辯駁；聲明中提到美國藐視法庭的規定、證據法則的論述，尤其是對誘導訊問（Leading Question）的闡釋。檢察體系裡的人一看，便知其中多處都有陳瑞仁風格，因為一點都不像侯寬仁平常的用字語法。
七月二十三日，台北地院當庭勘驗吳麗洳的偵訊錄音帶，沈明倫出現在法庭上，讓許多人感受到特偵組對此次錄音帶爭議的重視；沈明倫私下向媒體一再重申，筆錄沒問題，還說陳瑞仁態度很強硬，言語中流露出，想對律師作法提出反擊的味道。
偵訊錄音帶當庭勘驗後，合議庭並未當庭做出裁定，侯寬仁顯得有些擔心；當天晚上接受採訪時，即不時吐露，對法官未當庭裁定筆錄有效的擔憂，任由爭議持續下去，讓他壓力很大。他更特別向《自由時報》透露，因為筆錄事件讓他受到恐嚇。
不過，當高檢署指示台北地檢署處理他受恐嚇事件，幾位檢察官與他聯絡，詢問要不要提出具體的事證、讓檢方偵辦時，侯寬仁卻只提起訴之初在台銀遭老兵斥罵等事，並未提出具體事證。
八月十四日上午十時，馬案宣判，合議庭不但認定吳麗洳的偵訊筆錄無效，更在判決之中，嚴詞批評侯寬仁斷章取義、曲解馬英九的應訊筆錄，讓第一時間即看完判決書的侯寬仁壓力倍增。
當天上午，還沒想好如何面對媒體的侯寬仁，封鎖對外聯繫管道，直到下午，侯才願意與少數幾位熟識的平面媒體談論對馬案宣判結果的「遺憾」；雖然尊重法院判決馬英九無罪，但對判決中對檢方的批評，侯寬仁表示難以承受，但未採取強烈的手法反制。
直到陳瑞仁在十四日當天傍晚，透過電話要侯寬仁出面回應筆錄爭議，當天晚間中央社隨即發布侯寬仁批法官不厚道的專訪，侯寬仁等於是對馬英九當天中午呼籲「虛耗到此為止」的希望，宣告「不可能」，檢方不會就此罷休。
接受藍媒專訪讓綠媒不爽
侯寬仁在八月十五日接受中天電視專訪，談論前一天（十四日）接受平面媒體所說的話，卻造成其他電子媒體司法記者遭長官痛責漏新聞。尤其是在筆錄爭議事件後，挺侯不遺餘力的民視及三立，所有電視台記者在八月十六日一早，就齊聚在特偵組門口，揚言非等到侯寬仁不可。
當天，只見特偵組辦公室裡，沈明倫幾度與侯寬仁商討如何因應，最後決定由侯寬仁發表一份書面聲明。下午三點鐘，沈明倫陪著侯寬仁出面，侯寬仁按稿念完要求馬英九和宋耀明為傷害司法道歉、不排除委任律師追究兩人法律責任等，充滿政治味道的聲明後，隨即進入辦公室。
對於媒體追問馬、宋兩人如何傷害司法、要追究什麼樣的法律責任等，都未回應；沈明倫則留下來幫他發放書面聲明，還在部分媒體前大罵法官「沒良心」、為侯寬仁抱不平。
由於筆錄爭議持續發酵，檢察官問案方式遭到的質疑越來越大。尤其刑事訴訟法中檢察官偵訊筆錄的證據能力是否要修法刪除，讓檢察體系內部人士更加擔憂，有人會借此機會檢討。
不過，以陳瑞仁等人為首的檢改會則選擇相信侯寬仁的說法，將侯寬仁所提供各方對筆錄的譯文比較表，張貼在檢改會網站上。
只是，張貼內容又像吳麗洳偵訊筆錄一樣，被過度簡化，大幅度遺漏律師團提供給法院的譯文，如此作法反而讓檢改會的公信力與公正性受到質疑，也不免讓檢改會繼先前檢察長人事調動爭議，被質疑爭取到想要的位置、便忘了理想後，更因侯寬仁一事而陪葬了信譽。
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