高科技業者有部分老舊設備，五年投資抵減的額度業已用盡，即將要開始繳稅；反觀傳統產業只要符合設立企業營運總部的條件要求，母公司在海外子公司的收益匯回台灣，將可享免稅。
過去，在政府鼓勵高科技產業發展的策略下，電子業向來享受高額的投資抵減，尤其被政府列為高度獎勵的半導體業，投資機器設備的金額，可分五年享受兩成的投資抵減，因此許多公司不僅不必繳稅，甚至更常出現稅後純益比稅前盈利高的現象，例如台積電從上市以來，過去七年來每年的稅後純益都比稅前盈利高。
另外像聯電，過去七年內也有五年稅後純益比稅前盈利高，至於華邦在七年內也有六年狀況相似。在動態隨機存取記憶體（ DRAM )產業部分，即使很多公司不賺錢，但在稅負抵減的美化下，稅後純益就不至於那麼難看，甚至有些年度還因此而有盈餘，例如南亞科技、力晶、茂德、茂矽都有類似情況。
台積電第三季補提稅額──新設備營收不足
不過，這次台積電公布第三季財報後，電子業繳稅的問題才引起眾人矚目。台積電第三季的稅前盈利為六十．三億元，其中繳交的稅達十四億元，但加上補提列第一、二季稅負十八億元，總計提列了三十二億元的稅，再減掉投資抵減的三億元，台積電第三季繳交的稅達到二十九億元，占全部稅前盈利的四八％。
若以前三季的數字來看，台積電前三季的稅前盈利為二四○．三五億元，稅後純益為一九○．五八億元，實質稅率達到二○．七％，比起去年台積電稅前盈利一○六．五九億元，稅後純益為一四四．八三億元（稅後比稅前還高)，情況已明顯不同。顯然，過去不必繳稅的台積電，今年終於也對國家稅收做了些貢獻。
為什麼會出現這種現象呢？台積電經理曾晉皓表示，最主要原因是，台積電有些老舊的設備，五年投資抵減的額度已經用完，因此這部分的收入要開始繳稅，另外，第三季稅率又比上半年高，主要是原先對今年營收成長估得太樂觀，可以抵稅的高階製程營收沒有預期的多，因此第三季又補提不足的稅，才導致第三季的稅額那麼高。
半導體業稅額將再增加 前三季三十家電子公司稅率提高
事實上，目前政府並非全面獎勵所有半導體投資，例如規定要採購○．一八微米以上的高階製程設備才能享受投資抵減，然而，以台積電、聯電、華邦或旺宏等廠家都有較老舊的設備，目前面臨投資抵減已用完的情況，未來這些廠商的稅額將不可能再像過去那麼低了。
若統計電子業今年前三季的實際稅額，包括凱美等三十家公司比去年全年的稅額還要增加，而且最大的幅度還高達九六％，顯示政府在減少電子業租稅減免的動作，已逐步發酵；不過，值得注意的是，在政府稅收增加的同時，中國大陸明顯提升對高科技投資的獎勵，可能會成為電子業奔赴大陸的因素之一。
不過，也並不是所有電子公司的稅負都呈正比增加，事實上，也有不少公司稅負還是減少，其中以高獲利族群中的大立光電，由於通過申請在台設立「企業營運總部」，符合政府的優惠政策，有效稅率從上半年的二五％立即降到一五．八％。
大立光電在台設置營運總部──稅率從二五％降為一五．八％
根據大立光電的財報，上半年大立光電繳交的稅率約為二五％，而過去幾年大立光電的實質稅率也都落在二三％至二五％間，但由於今年通過在台設立企業營運總部，海外子公司的投資收益匯回台灣可以免稅，因此，目前海外獲利占全部獲利約四成的大立光電，前三季的實質稅率就立即減為一五．八％。
今年開始實施的「企業營運總部」辦法，規定只要符合設立企業營運總部的條件要求，母公司在海外子公司的收益匯回台灣，將可享免稅；另外，在海外收取的權利金及技術報酬金也可免稅，至於處分海外資產的交易也可免稅。這項政策鼓勵企業資金回流，避免發生「債留台灣」的狀況；同時，原本政府對企業赴海外投資總額定有上限，這些匯回的資金又可以再增加企業海外投資的額度，因此可讓企業資金運用更有彈性及效率，也可以算是政府在縮減投資抵減後，對企業經營較正面的措施。
大立光電發言人邱東泉表示，這項政策對企業、股東及政府都很有利，因為企業在資金的運用上將更有彈性。另外，稅額減少了，股東可分配的實質盈餘更多。對政府來說，雖然少了一些稅收，但資金有效回流，卻可以讓台灣經濟更加繁榮活絡，免於空洞化。
政策獎勵須全面檢討──傳產未來稅率可望降低
不過，邱東泉也認為，在新興策略產業的獎勵上，政府應該努力定出更符合產業現況的條例，例如以生產傳統相機或是數位相機上游光學關鍵零組件的大立光電，一直不在政策獎勵的業種之內，而下游的數位相機組裝業，例如二百萬相素以上數位相機卻列入新興策略產業的範圍，這種本末倒置的獎勵辦法，應當重新檢討改進。
根據工業局的資料，目前已申請企業營運總部的企業已有五十家，除了包括光寶等二十九家電子資訊廠商以外，還有二十一家是機械、民生、化工及技術服務等傳統產業，這五十家公司都將享受海外投資收入匯回可以免稅的優惠，尤其是海外獲利比重高的公司，受惠會更多。
有趣的是，如果傳統產業加緊申請在台設置企業營運總部，稅率將有機會明顯降低，對照於部分投資抵減已逐步被收回或額度用盡的電子業，未來將很可能出現「電子業稅收增加，傳統產業稅收減少」的狀況，此一結果，也可以有效調整過去政府過度獎勵電子產業的不正常現象，對健全整體產業發展將有正面助益。
