陳水扁選任國防部長唐飛出任閣揆，誠然跌破許多人的眼鏡，但細查脈絡，唐飛的出線，其實並不出人預料之外。
陳水扁專程拜會 唐飛感動在心
將時序拉回三月二十三日，陳水扁知悉唐飛於選後指示幕僚人員開始打包，清出部長室，以示解甲歸田之心。於是陳水扁與呂秀蓮二人聯袂至國防部拜會，挽唐飛續任國防部長。這個過程，據軍系高層透露，陳、唐於國防部的會面，令唐飛相當感動，唐原則同意留任部長，待陳水扁有適任人選接掌國防部，立即辦退毫不戀棧職位。接著由於陳要去聽取參謀本部簡報，在唐飛的婉勸下，陳水扁與呂秀蓮二人即趕往參謀本部拜會總長湯曜明，以聽取參謀本部的簡報。
三月二十六日首度召開的國政顧問會議，因閣揆人選的難產，使陳水扁意識到問題的嚴重性。於是透過幕僚的安排，兩人相約在三月二十七日再度面談。
二人二度會面，唐飛首度表明無意續任國防部長的原因，在於無法推動國防改革。尤其是立法院通過「國防法」與「國防部組織法修正案」後，未料引起軍系內部的強烈反彈。幾位曾提拔唐飛的軍系元老為此還痛責唐，加上參謀本部的抵制，並遊說李登輝讓國防法翻案，令唐飛有幹不下去之苦。故而在選前唐為使軍系了解國防二法修法的本質，攜同國管學院院長帥化民、法制司副司長向榕崢等人，赴各部隊講解國防法修訂的過程，選後則取消所有的「講解」行程。表面原因，是交由下一任部長處理；但真正原因，則是向參謀本部抗議，顯示去意已決。
陳水扁聽後，要求唐留下來進行軍中改革，同時也徵詢組閣的意願。但先決條件是，若李遠哲同意擔任行政院長，則唐要留任國防部長，協助新政府推動軍中改革。對於陳水扁的坦誠，唐飛深感震驚，當然唐亦向陳表示，由他組閣的各項利弊，但陳承諾會協助解決各項困難。
陳、唐會晤的結果，由陳水扁轉知李遠哲。而唐飛則面見李登輝，向李請益。於是唐出任閣揆之事，即成定局。
三月二十八日，由於民進黨立院黨團未獲悉陳、唐商議之事，於是由鄭寶清出面會同多位立委赴國防部拜會唐飛，請唐留任部長。然而唐卻表示，會留下來處理政務。顯然唐於此時，並未將與陳水扁議定之事告知立委。
陳唐電話中敲定組閣事宜
二十八日晚間某軍系高層將領出席一項餐會，經與會人士追問唐飛去留問題時，該將領語帶玄機地表示，「唐部長會留下來處理國家極為重要的安全事務工作。於是有人認為，唐飛可能接任國安會祕書長，以取代色彩濃厚的殷宗文。顯然在這個時候，軍系高層已知悉唐飛可望更上層樓，但大多數人絕未料到會接任行政院長。
三月二十九日上午陳、唐再度通電話，要求唐飛組閣，而唐也義不容辭地欣然允諾，至此唐飛出任閣揆之事已成定局，只待陳水扁宣布而已。
回顧事件發展過程，不難發現陳水扁意促唐飛出任閣揆，有其政治考量。以國防二法而言，由於國防二法的通過，軍系組織機構的調整，必須在兩年內完成；所以在時間壓力下，軍系內部有強烈的翻案動作，其情不難理解。然而唐飛若不留下來解決這個問題，換任何人都無法處理。兼以國防二法是唐排除萬難親身參與所制定的法案，整個法案的精神及實施成效的評估，唐知道得最清楚，有他在，國防二法很難翻案，若唐去職，軍系自然會運用特殊的影響力，進行翻案工作。如此一來，軍政、軍令系統之間恐將齟齬不斷，問題會更多。
其次在陳水扁當選總統後，不論是美國或是軍系高層，都透過張旭成，明確告知陳水扁優先處理的問題是兩岸關係、美國態度與國防安全。這三個問題處理不好，台灣內部的經建發展也不可能穩定。故而在這三個問題壓力下，美國的關切及軍系高層的善意告知，在李遠哲無意出任閣揆的狀況下，陳水扁選任唐飛，毋寧是最佳的抉擇。
唐飛為人寬厚 做事謹守分寸
再者，唐為人寬厚，做事謹守分寸，如陳水扁在立委期間，曾對唐飛個人及空軍提出許多嚴厲的質詢，唐均會派專人向陳解釋，說明事件的原委，令陳印象深刻。唐、陳於這段期間的公誼來往，唐對陳的尊重，陳水扁自然對唐飛的作為有深刻的了解。
其實唐飛之所以適任行政院長，還有另一個原因就是唐在軍系從不樹敵。嚴格說來，唐飛的崛起完全是前參謀總長陳燊齡拔擢所致。當年林賢順駕機投共，時任空軍政戰主任唐飛、政四處長孔學敏，都應該負相當的政治責任。尤其是孔學敏事先未能預防，事後又處理不當，為此唐對孔的作為非常不以為然。可是在唐擔任空軍總司令時代，對孔還是很照顧，提報孔晉升中將，顯示唐為人寬厚的一面。
除孔學敏事件外，唐飛與前空軍總司令林文禮的關係，一直是空軍內部談論的話題。當年林文禮為培植范里成為總司令接班人選，將唐調任聯訓部主任，以斷絕唐接任空軍總司令之念。詎料范里因故下台，唐班師回朝接任總司令後，居然不念舊惡，留任林文禮時代所重用的軍官。如林的參謀主任，唐飛一直留用至今，時間長達六年，顯示唐對人處事，有其獨到之處。
再者唐飛從軍已有四十六年，他在軍系從不搞班底也頗受空軍的稱許。外傳三軍大學校長夏瀛洲是唐培植的將領，究其實培植夏的是陳燊齡，而非唐飛。而副參謀總長兼執行官王漢寧，係唐飛愛將。可是王之父係空軍元老將領，故而提拔王的是烏鉞，唐只是順水推舟。相對於空軍副總司令黃榮德為唐一手培植，殊不知拔擢黃回任空軍副總司令的居然是出身陸軍的參謀總長羅本立。從這幾項特殊案例可知，唐飛用人在相當程度上不搞「小圈圈」。而唐真正提拔的將領，則是陸軍出身在空軍服役的中科院長陳友武。
唐飛絕不可能成為陳水扁的競爭對手
此因當年中科院長出缺，民進黨籍立委接受中研院請託欲聘某院士出任中科院長，而李登輝也同意該項人事案。此事為唐飛知悉，刻意請人事次長在陳友武籍貫欄上註明陳是「浙江義烏」人，以鄉親之誼打動蔣仲苓。經蔣仲苓的力爭，李登輝勉強同意由陳友武升任中科院長，以此阻截中研院院士入主中科院的希望。從陳友武的人事任命，可知唐飛不是一位不懂「政治」的將領，他了解到「政治」不宜力爭，若走曲折路線能達到目標，唐絕不會直線而行。顯示唐的政治手腕，較郝柏村來得高明。
事實上，唐飛應聘出任閣揆，他與陳水扁的搭配，於未來必然會成為政壇話題。而唐飛知道相當清楚的事實為，他已年近七旬，待完成國防改制，穩定兩岸關係，與美國搞好關係後，兩年內他勢必要辦退，由陳水扁選任一位「選舉內閣」的行政院長，為陳競選連任鋪路。這個趨向，唐看得非常清楚，不論他未來聲望有多高，他絕對不可能成為陳的競選對手。由於唐飛看準了這一點，他與陳的相處，應不至於重蹈李、郝關係的覆轍。
