《財團法人法》規定財團法人財產運用須「安全可靠」，買股票所投入資金，不能超過自身總資產五％，對單一公司持股也限五％，然而此規定恐讓許多財團法人觸法。
六月二十七日，立法院臨時會三讀通過《財團法人法》，當外界聚焦宗教法人被排除，以及「買回條款」（過去由政府出資成立，後因捐贈比率被稀釋，變為私有的財團法人，政府可補足差額收回公辦），不少財團法人卻因幾行在黨團協商時匆促加入的文字，忙得炸了鍋。
《財團法人法》為使六千多家財團法人運作更健全，對於許多財團法人坐擁大筆資產、收受捐款並享免稅優惠，卻無專法可管的問題，以及家族財團法人以捐款回購自家股票、鞏固經營權的積弊，要求財團法人財務透明；同時，也對投資多所限制，但訂出的條文卻令財團法人無所適從。
新法規定，財團法人的財產運用必須「安全可靠」，明訂可存放金融機構，購買公債、國庫券、中央銀行儲蓄券、金融債券、可轉讓之銀行定期存單、銀行承兌匯票、銀行或票券金融公司保證發行之商業本票，以及購置業務所需之動產及不動產。
財團法人若想購買股票，投入資金不能逾總資產五％，對單一公司的持股比率也限制在五％內，且除經主管機關核准，不得購買捐贈基金總額二分之一以上捐助人或其關係企業所發行股票和公司債。
新法一上路 持股過高變違法
法規以正面表列的方式，避免財團法人不諳市場，誤投高風險股票或公司債，造成嚴重虧損而掏空財務。
然而，八月一日公告、明年二月施行的新法一上路，手中持股過多的財團法人若未及處理，恐怕都會觸法。以國家文化藝術基金會為例，目前財務配置及限額，都遵循《文化部審查文化事務財團法人設立許可及監督要點》與相關規定，可投資額度以上一會計年度資產負債表之淨值二分之一為上限。
