浩鼎案是中研院第一起針對技轉（技術轉移）案正式起訴的刑事官司，從二○一六年四月十五日檢調發動搜索，到一審宣判「翁啟惠、張念慈貪污罪無罪」，九百八十七天的調查與審判，「複雜」是所有人面對案情的第一個印象。
根據起訴書，檢方認為，翁啟惠協助浩鼎取得中研院「新一代酵素合成寡醣技術」，先與張念慈約定浩鼎一千五百張技術股期約賄賂但未成，其後又收受張念慈所交付的浩鼎三千張股票，因違反《貪污治罪條例》而起訴。
起訴後，每一次浩鼎案開庭，彷彿從生物科技課上到技轉流程，檢方看似掌握所有證據，在法庭攻防上卻始終失焦。無論是浩鼎需要中研院技術的合理性、三千張股票到底是由張念慈贈與還是翁家購買，最後由於檢方舉證不足，以至於一審宣判翁、張都無罪。
不同脈絡下的法庭證據
浩鼎並不急於得到中研院技術
檢方認為，一二年，身為中研院院長的翁啟惠與台灣浩鼎董事長張念慈約定以股票作為報酬協助技轉，中研院在翁啟惠指示下，讓浩鼎的製造夥伴潤雅公司得以與中研院簽訂「新一代酵素合成寡醣技術」專屬授權備忘錄；翁啟惠的研究團隊交付醣分子「Allyl Globo-H」，並讓潤雅派員至中研院學習酵素合成法，有意讓浩鼎得以在未簽屬專屬授權契約前取得技術。
據起訴書，這個拗口難懂的「新一代酵素合成寡醣技術」對浩鼎至關重要，由於浩鼎二期臨床即將開始，生產時間急迫，必須盡快取得技術，以製備藥劑。在未正式簽署授權契約前，浩鼎就得到中研院交付的醣分子。但根據翁、張向法庭提供的證據，脈絡卻完全不同。
根據翁、張的說明，翁啟惠○三年進入中研院擔任基因體中心主任之前，他與張念慈早在一九九八年就創辦浩鼎的母公司Optimer，當時翁啟惠已研發能夠自動合成醣類的技術「一鍋法」以及「酵素法」，能快速合成醣分子並降低成本的成就，這個技術也早已轉移給Optimer。
