世界衛生組織近年來為咖啡翻案，認為喝咖啡不但不致癌，還防癌。
台北市營養師公會居家照護營養師程涵宇指出，2017年7月11日美國《內科醫學年鑑》發表的最新研究顯示，喝咖啡有助降低患糖尿病、中風、心臟病、癌症的機率，進而降低死亡率。
報告顯示，每天喝超過4杯咖啡的非裔美國人、日裔美國人、拉美裔人和白人與不喝咖啡者相比，早死機率降低了18％；研究還指出，即使每天只喝1杯咖啡，對健康也有好處，他們早死風險比不喝者低了12％。
咖啡抗癌的作用機轉複雜，簡單來說，咖啡豆中的咖啡醇、咖啡豆醇等雙萜（diterpenes），以及多酚類物質包括木脂素、類黃酮都有抗癌特性，而綠原酸和咖啡因更是很強的抗氧化劑，能減少致癌的機率。
喝咖啡抗癌，仍不宜過量。雖然從多數的研究報告中發現，咖啡喝得較多，有降低許多癌症的風險，不過，攝取過量反而增加副作用，台灣癌症臨床研究發展基金會的建議是，每天飲用咖啡以3杯為限。
咖啡和大部分的癌症減少有關
多項系統性文獻回顧及統合分析結果都有相同結論：每天喝咖啡可降低罹癌風險。
2011年發表在《生物醫學（BioMed Central , BMC）》的研究指出，每天喝咖啡者的癌症風險下降13％，且整體來說，每多喝1杯咖啡，可降低3％癌症風險。
不過，咖啡的攝取針對不同癌症的影響仍有差異，台大醫學院外科名譽教授、乳癌防治基金會董事長張金堅和澄清綜合醫院人體試驗委員會主委蔡崇煌合著的《癮咖啡研究室》中提到。
咖啡和下列癌症減少有關：皮膚癌、子宮內膜癌、乳癌、肝癌、口腔癌、咽喉癌、攝護腺癌及成年人白血病等。
美國癌症研究院（AICR）與世界癌症研究基金會（WCRF）經過全球系統性文獻回顧後，聯合發表「咖啡可能預防癌症」之申明中指出，「極可能降低某些癌症風險」（PROBABLY lower risk of the following cancers）的是癌症是子宮內膜癌和肝癌。
肝癌
咖啡護肝，在於抗氧化、抗發炎和抗纖維化效果，同時，咖啡也能提供對抗肝臟致癌物的保護作用。
歐洲一項針對48萬多人的研究發現，每天喝咖啡最多的一組，比最低的一組，罹患肝癌機率少72％，義大利的研究也證實，喝咖啡平均可有效降低肝癌罹患風險40％，甚至一天喝到3杯的話，更可降低到50％。
咖啡護肝的作用機轉是什麼？歐美動物實驗發現，咖啡醇和咖啡豆醇可活化體內的解毒酶，使肝臟的解毒功能更好。而日本研究則顯示，綠原酸可防治藥物或酒精導致的化學性肝炎，避免惡化為肝硬化，也就減少罹癌風險。
子宮內膜癌
相較於不喝咖啡的人，研究發現，攝取中低劑量咖啡者，罹患子宮內膜癌機率較不喝咖啡者低 13％，而攝取高劑量咖啡者，其機率較不喝者低 36％。
美國哈佛大學一份長達26年、追蹤6萬7000名30～59歲女性的研究也認為，每天飲用4杯咖啡的婦女，比沒有喝的人減少25％罹患子宮內膜癌的風險。
《癮咖啡研究室》解釋其作用機轉：咖啡因和甲基黃嘌呤可能增加性激素結合球蛋白的量，因而減少性類固醇濃度，避免子宮內膜過度增生；另一方面，則是酚類、綠原酸及兒茶素、咖啡酸等化合物都有抗癌作用。
文摘自今周刊《生活i健康》特刊「咖啡抗病完全事典」
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